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CRISPR分类
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2021-02-24
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CRISPR分类 CRISPRclassify从组装的基因组和宏基因组文件(.fasta)中识别基因座,并使用独立于cas的分类方法来预测每个基因座的亚型。 安装 CRISPRclassify在R中实现,可以在RStudio或命令行的R会话中运行。 对于MacOS和Linux ,只需确保满足以下R和Java依赖关系即可。 对于Windows用户,您可以使用类的工具或其他命令行解决方案来访问Linux命令行。 软件要求: R > =版本3.6.3 R --version R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit) 有许多教
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CRISPR分类 (118个子文件)
CHANGES 1KB
CRISPRUtil.class 9KB
CRISPRFinder.class 8KB
minced.class 7KB
DNASequence.class 6KB
CRISPR.class 5KB
SearchUtil.class 3KB
FASTAReader.class 3KB
IntervalSearchTree.class 2KB
IntervalSearchTree$IntervalNode.class 759B
0.fasta.crisprs 6KB
0.fasta.crisprs_mod 12KB
master_repeat_lkp.csv 4.49MB
master_repeat_lkp.csv 4.49MB
bio_repeat_features.csv 911KB
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xg_feature_importance_5_2020-12-04.csv 265KB
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xg_model_performance_5_2020-12-04.csv 654B
cas_type_insufficient_data2020-12-04.csv 47B
cas_type_insufficient_data2020-10-19.csv 26B
DESCRIPTION 902B
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0.fasta_repeats.fa 3KB
0.fasta 1.77MB
example_DGCC7710.fasta 894KB
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Aquifex_aeolicus_VF5.fna 1.5MB
.gitignore 64B
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minced.jar 24KB
minced.jar 24KB
CRISPRUtil.java 18KB
CRISPRFinder.java 12KB
minced.java 11KB
DNASequence.java 9KB
CRISPR.java 5KB
SearchUtil.java 4KB
FASTAReader.java 4KB
IntervalSearchTree.java 4KB
LICENSE 34KB
Makefile 668B
README.md 9KB
minced 791B
NAMESPACE 64B
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columns.png 296KB
packageUpdates.png 178KB
start.png 155KB
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logo.png 105KB
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setup.R 1KB
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CRISPRclassify.R 249B
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hello.Rd 128B
sysdata.rda 4KB
.RDataTmp 23.56MB
vignette.rds 199B
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