geography_cleaning

地理清洁 这是用于COG-UK的系统/数据管道运行中使用的地理清理脚本和实用程序的存储库。 作者：爱丁堡大学的Verity Hill。 它以提交的序列元数据为输入，并尝试查找可用的最高分辨率地理数据。 清理adm2以匹配在全局管理数据库（gadm.org）数据库中找到的adm2。 在所有情况下，都使用管道（“ |”）来表示歧义。位置之间带有管道的正确adm2（即，如果在提交时知道歧义）将被接受为输入。 该脚本还将接受有效的NUTS1区域作为输入。这些以及它们的组成adm2在页面底部定义。 输出中的列： 序列名称 ID adm2_raw：输入的adm2，未经编辑 adm2：已处理的adm2，已针对拼写错误进行了更正，并与GADM adm2匹配。请参阅下面的说明。 adm2_source：选项为“ outer_postcode”，“ adm2_raw”，“ cleaned_adm2_raw