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NatureBiotech-31-720
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2021-06-16
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沉默方法的补充数据和代码 包括3个软件包。 每个包都包含一个 README 指令文件,以及 Matlab 代码中的内嵌指令。 请引用:“通过间接相关性的全局沉默进行网络链接预测”,Nature Biotechnology 31, 720-725 (2013)。 补充软件 1 – 代码(Matlab),SILENCING.m,用于执行沉默转换。 以方形链接预测矩阵 G_ij 作为输入,并产生一个静默的 S_ij 矩阵作为输出。 补充软件 2 - 用于重现对应图 1 中显示的结果所需的所有代码和数据。 补充软件 3 – 该软件包在“通过全局沉默的间接相关性进行网络链接预测”中再现了图 3 的结果,Nature Biotechnology 31, 720-725 (2013)。 沉默算法出现在 SMatrix.m 中。 自发布以来,作者已经确定了此代码中使用的实现的几个问题,并生成了改进
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NatureBiotech-31-720 (153个子文件)
.DS_Store 6KB
go_all.m 6KB
DREAM5_Challenge4_Evaluation.m 4KB
SILENCING.m 4KB
SILENCING.m 4KB
go.m 2KB
ProduceFig3b.m 2KB
ProduceFig3a.m 2KB
ProduceFig3c.m 2KB
kernelcmi.m 1KB
SilenceAll.m 1KB
directory_list.m 1KB
directory_list.m 1KB
ReadG.m 1023B
kernelmi.m 939B
ROC.m 934B
edgelist_2_D5C4_gs.m 779B
remove_edges_not_in_gs.m 761B
MutualInformation.m 615B
Spearman.m 590B
Pearson.m 566B
SMatrix.m 500B
WriteG.m 486B
ssqd.m 477B
load_dream_network.m 439B
edgelist2sparse.m 422B
ReadDataG.m 407B
ctransform.m 188B
probability.m 94B
RUN.m 66B
RUN.m 48B
Network1_AUROC.mat 1.01MB
Network3_AUROC.mat 980KB
Network1_AUPR.mat 953KB
Network3_AUPR.mat 878KB
Network4_AUROC.mat 771KB
Network4_AUPR.mat 745KB
README.md 1KB
go_all.m~ 5KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
lsf.out 1KB
README.pdf 507KB
AUROC.pdf 42KB
AUPR.pdf 39KB
README_IMPORTANT.pdf 37KB
README 582B
README~ 936B
net3_expression_data.tsv 35.14MB
DREAM5_NetworkInference_GoldStandard_Network1.tsv 3.13MB
DREAM5_NetworkInference_GoldStandard_Network4.tsv 2.7MB
DREAM5_NetworkInference_GoldStandard_Network3.tsv 1.8MB
DREAM5_NetworkInference_GoldStandard_Network3.tsv 1.8MB
net3_gene_ids.tsv 48KB
DREAM5_NetworkInference_Edges_Network4.tsv 48KB
DREAM5_NetworkInference_Edges_Network1.tsv 47KB
DREAM5_NetworkInference_Edges_Network3.tsv 25KB
net3_chip_features.tsv 20KB
net3_transcription_factors.tsv 1KB
DREAM5_NetworkInference_GoldStandard_Network3.tsv~ 1.8MB
G4.txt 55.91MB
G3.txt 42.42MB
G4.txt 37.87MB
G4.txt 35.17MB
G4.txt 33.04MB
G4.txt 33.04MB
G3.txt 28.82MB
G3.txt 27.37MB
G3.txt 25.04MB
G3.txt 25.04MB
G1.txt 8.72MB
G1.txt 5.91MB
G1.txt 5.68MB
G1.txt 5.12MB
G1.txt 5.12MB
Prediction1.txt 1.78MB
Prediction1.txt 1.77MB
Prediction1.txt 1.76MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction3.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction3.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction4.txt 1.75MB
Prediction3.txt 1.75MB
Prediction3.txt 1.75MB
Prediction3.txt 1.75MB
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楼小雨
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