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核苷酸多样性
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2021-02-18
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核苷酸多样性计算 概述 该程序估计基因组序列的核苷酸多样性。 用法 步骤1-BAM文件转换 使用转换BAM文件。 samtools view -h -G69 to.convert.bam | samtools view -h -G133 > file.bam 对于每个样本,从BAM文件中生成一个strandcount.csv。 java -cp /your-path-to/HAROLD/lib/htsjdk-unspecified-SNAPSHOT.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/picocli-4.1.2.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/pal-1.5.1.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/cache2k-all-1.0.2.Final.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/co
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NucleotideDiversity-master
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README.md 1017B
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sample5-1longitudinal.sorted.dedup.fixed.bam.strandcount.csv 181KB
sample.txt 61B
sample5-1longitudinal.sorted.dedup.bam.fixed.bam.zip 29.39MB
diversity.txt 4KB
lib
commons-math3-3.5.jar 1.94MB
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