UCE_phyluce_pipeline:UCE生物信息学管道

注意：此存储库最初是由Wilson X Guillory 创建的。 Connor French，Morgan Muell，Evan Twomey和BreAnn Geralds也已经审核并优化了该管道的某些部分。 brownlab工作流程 这是Brown实验室使用的系统植物学工作流程的教程，在这里我们使用揭示进化历史，主要是在新热带毒蛙（Dendrobatidae）中。 在本教程中，我将提供示例数据，并带您完成读取处理，序列组装，基因座匹配的读取和序列比对的步骤，最后提供一些可以对UCE数据进行的系统发育分析的示例。 内容 目录结构和示例文件 在本教程中，我将使用Linux机器（名为Bender）执行所有步骤。 我们首先需要创建一个目录来放入示例数据。 在我的示例中，我将在Linux命令行（终端）上使用Bash命令，但是许多平凡的命令（切换目录，移动文件，创建目录）也可以简单地使用桌面界面来