IARC生物信息学nextflow管道（于05/11/2020更新）
该页面列出了IARC开发的所有管道（大多数是-nf后缀的nextflow管道），并说明了如何使用它们（在页面底部）
IARC管道清单
原始NGS数据处理
名称
最新版本
保持
描述
使用的工具
v1.2-2020年7月
是的
执行BAM重新对齐或fastq对齐，有/无本地indel重新对齐和基本质量得分重新校准
， ， ， ， ， ， ，
2018年11月
？
按照GATK4最佳做法执行bwa对齐和预处理（标记重复和重新校准）-与hg38兼容
， ， ， sambamba ， qualimap
BQSR-nf
v1.1-2020年4月
是的
使用GATK执行bam文件的基本质量得分重新校准
samtools ， samblaster ，桑巴巴， GATK
亚伯拉夫
v3.0-2020年4
