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PEAT:无需先验适配器序列的超快速,准确的配对末端适配器微调器
共72个文件
hpp:47个
cpp:6个
ds_store:4个
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2021-05-27
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泥炭 **此版本的PEAT已不再维护,请使用作为更高级,更有效的替代方法。 PEAT是一种快速且高度准确的衔接子修饰算法,专门为配对末端测序而设计。 PEAT不需要先验的衔接子序列,并且在模拟和现实生活的配对末端测序文库中都大大优于其他广泛使用的衔接子修饰子。 此外,为了处理单端测序数据,我们还在PEAT中提供了单端修剪器。 PEAT根据GPLv2发布,但有其他限制,因此仅适用于个人和非营利组织,任何营利性公司都必须购买其他许可证。 安装 只有64位系统才能编译和运行PEAT。 无需安装即可直接运行二进制文件 首先尝试预编译的二进制文件,大多数linux系统都应该能够运行PEAT,而不会遇到任何麻烦。 请找到适合您平台的二进制文件: bin/PEAT_linux // for centos/redhat/ubuntu/fedara/... bin/PEAT_mac // f
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PEAT-master.zip (72个子文件)
PEAT-master
test_file
test_paired2.fq.gz 182KB
test_paired1.fq.gz 182KB
test_paired2.fq 532KB
test_paired1.fq 532KB
src
ThreadPool
thread_container.hpp 1KB
thread_pool.cpp 8KB
thread_adapter.h 1KB
thread_pool.h 2KB
common.h 414B
README.md 0B
thread_adapter.cpp 6KB
thread_job.hpp 515B
.DS_Store 6KB
constant_def.cpp 177B
wrapper_tuple_utility.hpp 12KB
str_match
linear_string_match.hpp 7KB
thread_pool_update.hpp 6KB
constant_def.hpp 3KB
file_reader.hpp 12KB
thread_control_version.hpp 152B
main.cpp 1001B
other
file_generator.hpp 5KB
debugger
logger.hpp 4KB
aligner
job_distributer.hpp 7KB
analyzer_utility.hpp 2KB
iohandler
.DS_Store 12KB
curl_impl
curl_impl_test.cpp 7KB
curl_utility.hpp 3KB
curl_impl.hpp 9KB
ihandler
IhandlerFactory.cpp 2KB
IhandlerFactory.h 496B
ihandler.hpp 13KB
ihandler_impl.hpp 1KB
ihandler_data_source.hpp 3KB
format
.DS_Store 6KB
fastq_ihandler_impl.hpp 6KB
iohandler.hpp 14KB
basespace_def.hpp 5KB
handler_device
.DS_Store 6KB
fw_device_basespace.hpp 9KB
fw_device_container.hpp 3KB
fw_utility.hpp 2KB
fw_device_ifstream.hpp 774B
fw_device_stream.hpp 2KB
device_basespace_setting.hpp 410B
fw_device_ofstream.hpp 708B
fw_filter_gzip_compressor.hpp 542B
fw_device_basespace_download.hpp 7KB
fw_filter_gzip_decompressor.hpp 593B
tuple_utility.hpp 5KB
format_io_iterator.hpp 3KB
trimmer
peat.hpp 14KB
pair_end_adapter_trimmer_impl.hpp 22KB
pair_end_adapter_trimmer.hpp 9KB
single_end_adapter_trimmer.hpp 5KB
single_end_adapter_trimmer_parameter.hpp 3KB
seat.hpp 8KB
single_end_adapter_trimmer_impl.hpp 6KB
single_end_adapter_trimmer_impl_parameter.hpp 8KB
file_reader_impl.hpp 2KB
format
fastq.hpp 6KB
data_source_impl.hpp 10KB
is_tuple_type.hpp 714B
fastq_reader_impl.hpp 4KB
CMakeLists.txt 3KB
.travis.yml 1KB
LICENSE 18KB
README.md 5KB
bin
PEAT_mac 1012KB
PEAT_linux 9.36MB
include
stdlib_include.hpp 368B
boost_include.hpp 521B
共 72 条
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蒋叶婷
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