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DES:深共熔溶剂力场参数(OPLS-DES)
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2021-04-17
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深共熔溶剂力场参数(OPLS-DES) 迈阿密大学 该存储库包含一组OPLS-AA参数,可用于深共晶溶剂模拟。 OPLS-AA力场参数(OPLS-DES)。 请参阅以下参考资料以获取技术详细信息: 重要提示:氢键供体(HBD)参数不应用于纯有机液体模拟! 对HBD参数进行了专门的参数设置,以使其仅在DES环境中与所提供的胆碱氯离子对协同工作。 要求 在CUDA 7.5 / 8.0和CentOS 6.5 / 7.0上进行了测试 由于版本5.0.7中存在已知错误,因此热容量DoS计算(g_dos)需要Gromacs 5.1.4。 下载 git clone git://github.com/orlandoacevedo/DES.git 可用参数 离子 胆碱 氯化物 氢键供体 尿素 甘油 苯酚 乙二醇 乙酰丙酸 草酸 丙二酸 DES -OPLS-DES键合和非键合参数 itp,top和pd
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DES-master
CCU-Tutorial
Output-Files
choline_cl_urea_prod.tpr 456KB
choline_cl_urea_prod.gro 1.25MB
density.log 349B
choline_cl_urea_prod.edr 2.69MB
choline_cl_urea_prod.log 12.21MB
choline_cl_urea_prod.cpt 447KB
Tutorial-README.txt 5KB
Input-Files
grompp_prod.mdp 3KB
Choline_itp
choline_DES.itp 13KB
choline_atomtypes_DES.itp 1KB
choline_cl_urea.top 490B
Cl_itp
cl_DES.itp 619B
cl_atomtypes_DES.itp 655B
choline_cl_urea.cpt 447KB
choline_cl_urea.gro 1.25MB
Urea_itp
urea_DES.itp 4KB
urea_atomtypes_DES.itp 981B
LICENSE 34KB
DES
ITP
2,2,2-trifluoroacetamide_DES.itp 3KB
2,2,2-trifluoroacetamide_atomtypes_DES.itp 920B
levulinic_DES.itp 8KB
ethylammonium_DES.itp 4KB
levulinic_atomtypes_DES.itp 2KB
choline_DES.itp 13KB
malonic_atomtypes_DES.itp 998B
ethgly_atomtypes_DES.itp 911B
glycerol_atomtypes_DES.itp 1KB
cl_DES.itp 619B
urea_DES.itp 4KB
acetamide_DES.itp 3KB
glycerol_DES.itp 8KB
oxalic_atomtypes_DES.itp 876B
phenol_atomtypes_DES.itp 963B
ethylammonium_atomtypes_DES.itp 909B
malonic_DES.itp 6KB
acetamide_atomtypes_DES.itp 905B
choline_atomtypes_DES.itp 1KB
N-ethyl-N,N-dimethylethanolammonium_DES.itp 10KB
N,N-diethylethanolammonium_DES.itp 10KB
N-ethyl-N,N-dimethylethanolammonium_atomtypes_DES.itp 1KB
oxalic_DES.itp 4KB
cl_atomtypes_DES.itp 655B
urea_atomtypes_DES.itp 981B
phenol_DES.itp 7KB
ethgly_DES.itp 4KB
N,N-diethylethanolammonium_atomtypes_DES.itp 1KB
PDBs
levulinic.pdb 2KB
ethylene_glycol.pdb 1KB
oxalic_acid.pdb 1008B
acetamide.pdb 991B
chloride.pdb 461B
choline.pdb 2KB
2,2,2-trifluoroacetamide.pdb 1006B
phenol.pdb 1KB
malonic.pdb 1KB
urea.pdb 1002B
N-ethyl-N,N-dimethylethanolammonium.pdb 2KB
glycerol.pdb 1KB
N,N-diethylethanolammonium.pdb 2KB
ethylammonium.pdb 1KB
TOP
CCU_DES.top 1KB
CCMal_DES.top 1KB
CCPhe_3.1_DES.top 1KB
CCEtg_DES.top 1KB
CCPhe_2.1_DES.top 1KB
CCGly_DES.top 1KB
CCOx_DES.top 1KB
template.top 1018B
CCLev_DES.top 1KB
README.md 3KB
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