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关于 地位 安装 PELE力场产量 peleffy (PELE力场Yielder)是一个Python软件包,用于构建与兼容的力场模板。 当前支持的力场为: “任何力场。 OPLS2005。 他们的结合。 文献资料 peleffy软件包的文档可在上。 主要特点 小分子参数化 它可以从PDB文件或SMILES标记中获取分子结构,并使用任何受支持的力场对其进行参数化。 生成的参数存储在易于操作的类字典对象中。 from peleffy . topology import Molecule from peleffy . forcefield import OpenForceField molecule = Molecule ( 'path_to_pdb_file.pdb' ) openff = OpenForceField ( 'openff_unconstrained-1.3.0
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peleffy:peleffy(PELE力场Yielder)是一个Python软件包,用于构建与PELE兼容的力场模板 (154个子文件)
make.bat 795B
setup.cfg 230B
etlz 2KB
.gitattributes 50B
.gitignore 2KB
MANIFEST.in 50B
sidechain_perturbation_template.ipynb 129KB
parameterize.ipynb 72KB
PDB-SMILES_comparison.ipynb 54KB
parameterize.ipynb 53KB
benzamidine_representation.ipynb 11KB
core_constraints.ipynb 9KB
ETL_opls2005_parameters.json 6KB
ETL_openff-1.2.1_parameters.json 6KB
ETL_openff-1.2.1_opls2005_parameters1.json 6KB
ETL_openff-1.2.1_opls2005_parameters2.json 6KB
MET_openff-1.2.1_opls2005_parameters2.json 4KB
MET_opls2005_parameters.json 4KB
MET_parameters_to_json.json 4KB
MET_openff-1.2.1_parameters.json 4KB
MET_openff-1.2.1_opls2005_parameters1.json 4KB
MET_openff-1.2.1_opls2005_parameters5.json 4KB
MET_openff-1.2.1_opls2005_parameters3.json 4KB
MET_openff-1.2.1_opls2005_parameters4.json 4KB
OBCparam.json 3KB
LICENSE 1KB
BHP.mae 12KB
MAT.mae 9KB
toluene.mae 6KB
benzene.mae 5KB
malonate.mae 1KB
ethylene.mae 946B
Makefile 690B
malz 3KB
README.md 3KB
README.md 991B
PULL_REQUEST_TEMPLATE.md 366B
metz 1KB
.nojekyll 1B
GBSA_OBC2-1.0.offxml 1KB
GBSA_OBC1-1.0.offxml 1KB
OPLS_etlz 2KB
OPLS_malz 3KB
OPLS_metz 1KB
similarity.param 17KB
f14_sgbnp.param 5KB
LYS_BNZ.pdb 209KB
HEM.pdb 8KB
oleic_acid.pdb 6KB
OLC.pdb 6KB
OLC.pdb 5KB
ligand.pdb 5KB
ligSUV_fixed.pdb 5KB
ligSUV_no_elements2.pdb 5KB
BHP.pdb 4KB
ligSUV_no_elements3.pdb 4KB
ligSUV_no_elements1.pdb 4KB
modified_sidechain.pdb 4KB
MAT.pdb 3KB
benzamidine.pdb 3KB
toluene.pdb 2KB
benzene.pdb 2KB
BNZ.pdb 2KB
benzene_without_connectivity.pdb 2KB
trimethylglycine.pdb 2KB
octafluorocyclobutane.pdb 1KB
propionic_acid.pdb 999B
malonate.pdb 929B
ethylene_error3.pdb 545B
ethylene_error1.pdb 545B
ethylene_error2.pdb 545B
ethylene.pdb 545B
ethylene_error4.pdb 479B
methane.pdb 442B
ammonium.pdb 441B
acetylene.pdb 378B
MG.pdb 230B
OXO.pdb 228B
PELE_templates_scheme.png 167KB
logo.png 88KB
dual_representation.png 77KB
versioneer.py 67KB
test_parameters.py 61KB
parameters.py 56KB
impact.py 34KB
elements.py 30KB
toolkits.py 28KB
rotamer.py 27KB
molecule.py 27KB
test_utils.py 25KB
test_topology.py 19KB
_version.py 18KB
test_molecule.py 17KB
utils.py 16KB
forcefield.py 15KB
test_forcefields.py 15KB
test_rotamers.py 14KB
test_main.py 14KB
topology.py 14KB
utils.py 13KB
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戴剑松
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