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kineticsTools:用于从单分子,实时测序数据中检测DNA修饰的工具
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2021-05-22
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动力学工具 请注意,此仓库仅包括RSII化学模型,应使用最新版本的SMRT Analysis 来分析最新的Sequel / Sequel II数据。 用于从单分子实时(SMRT:registered:)测序数据中检测DNA修饰的工具。 该工具在SMRT:registered:Portal中实现P_ModificationDetection模块,由RS_Modification_Detection和RS_Modifications_and_Motif_Detection协议使用。 对理解或扩展修改检测算法感兴趣的研究人员可以使用这些工具作为起点。 学术出版物: 说明文件: 免责声明 本网站和内容以及所有与网站相关的服务(包括任何数据)均按“原样”提供,带有所有错误,没有任何形式的明示或暗示的陈述或保证,包括但不限于以下内容的任何保证:适销性,令人满意的质量,不侵权或特定目的的适用性。 您对使用本网站,所有本网站相关服务以及任何第
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kineticsTools-master.zip (80个子文件)
kineticsTools-master
.circleci
installHDF5.sh 335B
.gitignore 150B
README.md 2KB
bin
writeSummaryToCmp.py 5KB
testShared.py 1KB
copyIpdSummaryDataset.py 3KB
hdf2npz.py 710B
test
test_ReferenceUtils.py 2KB
conftest.py 637B
test_loader.py 4KB
test_summarize_modifications.py 521B
test_outputs.py 2KB
test_ipdModel.py 1KB
test_gather_bigwig.py 3KB
test_integration.py 3KB
cram
portability.sh 114B
detection_bam_dataset.t 4KB
methyl-fraction-identify.t.off 7KB
version.t 2KB
long_running
detect_and_identify_Bsub.t 836B
run_on_cluster.py 541B
detect_and_identify_Hpyl.t 772B
run_jenkins.sh 500B
README.txt 2KB
detect_and_identify_Mjan.t 842B
detect_and_identify_Cagg.t 814B
extra
bigwig.t 529B
detection_bam.t 4KB
detection_bam_lossless.t 3KB
detectionMethylFractionTest.py 2KB
data
lambda
reference.info.xml 1006B
sequence
lambda.fasta.fai 30B
lambda.fasta 48KB
kineticsTools
BasicLdaEnricher.py 3KB
tasks
gather_bigwig.py 4KB
__init__.py 0B
ModificationDecode.py 14KB
resources
P6-C4.npz.gz 7.62MB
SP2-C2.npz.gz 1.86MB
SP3-C3.npz.gz 1.97MB
unknown.npz.gz 9.45MB
MixtureEstimationMethods.py 11KB
WorkerProcess.py 6KB
ReferenceUtils.py 4KB
summarizeModifications.py 6KB
ResultWriter.py 20KB
pipelineTools.py 350B
MedakaLdaEnricher.py 4KB
sharedArray.py 569B
MultiSiteDetection.py 10KB
ipdSummary.py 23KB
KineticWorker.py 34KB
PositiveControlEnricher.py 5KB
MultiSiteCommon.py 5KB
__init__.py 0B
internal
__init__.py 140B
loader.py 2KB
tree_predict.c 6KB
ipdModel.py 20KB
pytest.ini 241B
LICENSES.txt 2KB
MANIFEST.in 30B
strand-conventions.txt 2KB
setup.py 1KB
doc
make.bat 5KB
conf.py 8KB
manual.rst 12KB
index.rst 109B
regional_detection_manual.rst 8KB
whitepaper
kinetics.bib 3KB
position-influence.png 86KB
logo.jpg 22KB
ecoli-roc.png 26KB
kinetics.tex 15KB
kinetics.pdf 390KB
Makefile 5KB
bamboo_build.sh 2KB
Makefile 2KB
CHANGELOG 301B
circle.yml 604B
共 80 条
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水瓶座的兔子
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