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STRetch:从短读测序数据中检测STR扩展的方法
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2021-05-08
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更新: STRetch论文现已出版! 如果使用STRetch,请引用: Dashnow,Harriet,Monkol Lek,Belinda Phipson,Andreas Halman,Simon Sadedin,Andrew Lonsdale,Mark Davis等。 2018年。“拉伸:检测和发现致病性短串联重复序列扩展。” 基因组生物学19(1):121. 拉紧 从短读测序数据中检测短串联重复序列扩展的方法。 STRetch需要配对的末端读取才能起作用。 它主要用于全基因组测序数据,也可以在外显子组或其他靶向测序数据上运行,尽管大小估计值应谨慎解释。 请参阅《 以获取安装和使用说明。
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STRetch-master.zip (40个子文件)
STRetch-master
.gitignore 136B
install.sh 8KB
.travis.yml 791B
LICENSE 1KB
.testing
install-ci.sh 8KB
STRs.benchmark.tsv 424B
extra_scripts
reformat_output.py 2KB
scripts
estimateSTR.py 20KB
identify_locus.py 13KB
mosdepth_mean_region.py 2KB
generate.STRcov.model.R 5KB
median.awk 183B
TRFdat_to_bed.py 2KB
sort_fasta.py 1KB
STRcov.model.ATXN8_AGC.csv 12KB
dedupSTRannotation.R 2KB
tests
test_identify_locus.py 6KB
test_decoySTR.py 2KB
test_data
11_L001_R1.STRdecoy.bam 612KB
11_L001_R1.STRdecoy.bam.bai 83KB
49_tests.STRdecoy.sam 3.09MB
49_L001_R1.STRdecoy.bam.bai 82KB
README.md 315B
49_L001_R1.STRdecoy.bam 606KB
STRcov.model.csv 11KB
mosdepth_median.py 2KB
decoy_STR.py 4KB
README.md 1KB
environment.yml 374B
pipelines
STRetch_exome_pipeline.groovy 494B
pipeline_stages.groovy 9KB
config-examples
pipeline_config_broad.groovy 634B
pipeline_config_meerkat.groovy 739B
bpipe.config_template 347B
bpipe.config_meerkat 159B
pipeline_config_template.groovy 1KB
extract_fastq.groovy 635B
STRetch_wgs_bam_pipeline.groovy 1KB
STRetch_exome_bam_pipeline.groovy 1KB
STRetch_wgs_pipeline.groovy 458B
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log边缘
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