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bgen-reader-py:BGEN 文件格式阅读器
共56个文件
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md:3个
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2021-05-31
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bgen-阅读器 阅读器。 Bgen 是一种用于存储大型遗传数据集的文件格式。 它支持具有可变倍性和等位基因数量的非定相基因型和定相单倍型数据。 它旨在在不牺牲变体访问性能的情况下提供紧凑的数据表示。 这个 python 包是的包装器,这是一个低内存占用的阅读器,可以有效地读取 bgen 文件。 完全支持bgen格式规范:1.2和1.3; 以及它们的可选压缩格式。 安装 它可以通过安装 conda install -c conda-forge bgen-reader 或者通过 pip pip install bgen-reader 文档 请参考 。 故障排除 致命错误:bgen.h:没有那个文件或目录 这意味着未安装 bgen C 库(或找不到)。 请按照的说明进行安装,然后再次尝试安装 bgen-reader。 问题 如果您遇到任何问题,请。 作者 执照 这个项目是在下获得许可的
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bgen-reader-py-main.zip (56个子文件)
bgen-reader-py-main
setup.py 92B
.clang-format 3KB
.gitignore 1KB
conftest.py 510B
pyproject.toml 166B
LICENSE.md 1KB
MANIFEST.in 56B
.pre-commit-config.yaml 341B
setup.cfg 2KB
.github
ISSUE_TEMPLATE
bug-report.md 367B
workflows
python-package.yml 982B
python-publish.yml 844B
README.md 1KB
version.py 411B
.flake8 61B
docs
install.rst 250B
.gitignore 8B
numpyapi.rst 155B
requirements.txt 98B
Makefile 701B
metafile.rst 88B
numpyapi-api.rst 534B
index.rst 2KB
expectation.rst 100B
conf.py 2KB
env_variables.rst 394B
dosage.rst 82B
frequency.rst 92B
make.bat 831B
quickstart.rst 7KB
quickstart2.rst 6KB
daskapi.rst 209B
read.rst 71B
bgen_reader
conftest.py 2KB
_reader.py 4KB
_metafile.py 4KB
_multimemmap.py 10KB
_example.py 2KB
__init__.py 1KB
_bgen2.py 54KB
_helper.py 3KB
_samples.py 1013B
_genotype.py 2KB
_testit.py 469B
_environment.py 481B
_dosage.py 12KB
test
test_bgen_reader.py 12KB
test_dosage2.py 5KB
write_random.py 6KB
test_large_file.py 1KB
__init__.py 0B
test_bgen2.py 21KB
test_dosage.py 540B
test_interface.py 2KB
test_multimemmap.py 6KB
_file.py 2KB
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