Harmony:用于连接离散时间点的scRNA-seq数据的和谐框架

和谐 Harmony是一个统一的框架，可用于对跨离散时间点测得的scRNA-seq数据进行数据可视化，分析和解释.Harmony通过在连续时间点之间使用彼此最近的邻居扩充kNN图亲和力矩阵来构建增强的亲和力矩阵。 该增加的亲和力矩阵构成了生成力导向布局以进行可视化的基础，并且还用作计算扩散算子的输入，该算子可用于使用Palantir进行轨迹检测 安装和依赖项 Harmony已在Python3中实现，可以使用以下命令进行安装： $> pip install harmonyTS $> pip install palantir 和谐取决于pypi上可用的许多python3软件包，这些依赖项在setup.py中列出。所有依赖项都将使用上述命令自动安装 卸载： $> pip uninstall harmonyTS 如果您想确定基因表达趋势，请安装编程语言和R包 。 您还需要使用以下命令安装