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MIMIC_ICU:用于定义和比较MIMIC-III数据库中现有ICU再入院风险评分的代码
共68个文件
r:46个
rds:5个
gitignore:2个
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2021-02-23
02:49:07
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MIMIC_ICU代码存储库 定义和比较MIMIC-III数据库中现有ICU再入风险评分的代码。 它由以下核心模块组成。 extract_patients 该模块使用MIMIC-III数据库并通过资格标准进行筛选,以生成“可用” ICU患者的数据集,可以随时对其进行重新定义。 出于数据安全原因,此数据集文件将不会上传到github。 目前提取出接受手术治疗或转为手术治疗的患者。 preprocess_data 对于在extract_patients中定义的所有患者,此模块将预处理有关其人口统计信息和ICU停留时间的所有MIMIC数据。 这个过程很大程度上遵循Lin等人的工作流程。 2018年1月,可以在Python代码中找到和 。 它输出选定患者的所有人口统计,住院/转移和输入(诊断/过程/处方)数据。 split_events 该脚本将“事件”表(chartevents,input
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MIMIC_ICU-main.zip (68个子文件)
MIMIC_ICU-main
MIMIC_ICU.Rproj 190B
scripts_phase2
2_prediction_script.R 2KB
1_bayesian_models.R 3KB
.gitignore 477B
renv
activate.R 12KB
.gitignore 32B
settings.dcf 169B
functions
apache_ii.R 14KB
NA_count.R 213B
in_hospital_mortality.R 330B
distance_4D.R 829B
calibration.R 391B
run_lines.R 86B
apache_ii_mort.R 11KB
fialho_variables.R 5KB
parallel_setup.R 346B
make_pool.R 2KB
inverse_logit.R 99B
calculate_apache_score.R 4KB
comorbidity_map_icd9.rda 6KB
event_filter_discharge.R 346B
apache_ii_discharge.R 15KB
in_unit_mortality.R 315B
nomogram_convert.R 906B
brier_extraction.R 357B
fluid_balance.R 10KB
mimic_load.R 1KB
filename_metadata.R 325B
flag_within_discharge.R 346B
scripts_phase4
2_split_events.R 8KB
3_extract_predictors.R 23KB
1_define_outcomes.R 3KB
.Rprofile 26B
writeup
thesis.bst 29KB
phase1_writeup.tex 36KB
phase2_writeup.tex 2KB
phase1_writeup.pdf 558KB
figures
discrimination.png 93KB
calibration.png 131KB
ICU_refs.bib 5KB
phase2_writeup.pdf 95KB
models
cooper_bayes.rds 14.2MB
hammer_bayes.rds 5.34MB
apache_model.RDS 1.53MB
hammer_frequentist.rds 2.13MB
hammer_frequentist 2.13MB
scripts_phase3
4_plot_comparisons.R 6KB
2g_amelia_impute.R 2KB
2e_missForest_impute.R 2KB
2a_mean_impute.R 4KB
3_compare_imputations.R 31KB
2b_hotdeck_impute.R 6KB
2d_KNN_impute.R 3KB
1_create_missing.R 3KB
2c_mice_impute.R 3KB
2f_pca_impute.R 2KB
Bayesian_Hammer
app.R 10KB
hammer_posteriors.RDS 3.51MB
README.md 4KB
renv.lock 48KB
scripts_phase1
4_split_events.R 6KB
6_compare_scores.R 20KB
3_define_outcomes.R 2KB
5_extract_predictors.R 23KB
2_preprocess_data.R 5KB
7_recalibrate_models.R 13KB
8_plots_figures.R 9KB
1_extract_patients.R 2KB
共 68 条
- 1
资源评论
- 食色也2023-07-24对于想要对MIMIC-III数据库中的ICU再入院风险做进一步研究的人来说,这个文件是一个必备的工具。
- 马李灵珊2023-07-24文件中的代码简单易懂,可以方便地理解和实施ICU再入院风险评分研究。
- 五月Eliy2023-07-24这个文件不仅提供了代码,还对其进行了比较分析,为进一步研究提供了有价值的参考。
- maXZero2023-07-24对于对MIMIC-III数据库中现有ICU再入院风险评分感兴趣的人来说,这个文件提供了宝贵的参考和指导。
- ali-122023-07-24这个文件提供了定义和比较MIMIC-III数据库中ICU再入院风险评分的代码,对研究者来说非常有用。
PeterLee龍羿學長
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