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xheinz:跨物种模块发现
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2021-05-30
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软件说明 xHeinz是一个软件求解器,用于搜索两个物种之间守恒的活动子网络模块。 它使用分支和切割算法来找到可证明的最优或接近最优的解决方案。 活动子网模块是一组基因,每个物种一个,其中: 在特定物种的相互作用网络中诱导连接的子网络, 显示整体差异行为,以及 含有大量直系同源基因。 编译说明 依赖关系 提升 (>= 1.49) 柠檬 1.3 ILOG CPLEX(> = 12.0) 支持 C++11 的编译器 MacOS X 10.9 和 10.8.5 安装说明 在 Mavericks 中,默认的 C++ 标准库是 libc++ 而不是 libstdc++。 由于 CPLEX 库使用 libstdc++,我们也被迫使用它。 但是,提供的 Clang 编译器在使用 libstdc++ 时无法编译 C++11 代码。 这就是我们求助于 gcc 4.8 的原因。 通过自制软件安装
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xheinz:跨物种模块发现 (276个子文件)
Solver.cpp 29KB
UserCutCallback.cpp 18KB
HeuristicCallback.cpp 16KB
ListsParser.cpp 10KB
xHeinz.cpp 7KB
LazyConstraintCallback.cpp 5KB
Solution.cpp 4KB
MinCutDigraphComponent.cpp 4KB
Callback.cpp 4KB
BkMaxFlow.cpp 3KB
Config.cpp 1KB
Verbosity.cpp 98B
MS_graphs.cys 184KB
MS_graphs_full_networks.cys 184KB
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.dot 52KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.dot 43KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.dot 38KB
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.dot 37KB
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.gexf 116KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.gexf 97KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.gexf 85KB
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.gexf 83KB
.gitignore 397B
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.gml 52KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.mouse.gml 43KB
alpha_0.7_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.gml 38KB
alpha_0.5_FDR_0.1_mouse_corrected_no_ubc_roundCB.stdout.txt.human.gml 37KB
graph.h 34KB
block.h 7KB
concept_check.hpp 32KB
Graph.hpp 17KB
concepts.hpp 13KB
GraphComponent.hpp 7KB
UserCutCallback.hpp 4KB
ThreeWayGraph.hpp 4KB
BaseGraphTypes.hpp 4KB
GraphBuilder.hpp 4KB
MinCutDigraphComponent.hpp 4KB
ExtChainGraph.hpp 3KB
Solver.hpp 3KB
HeuristicCallback.hpp 2KB
LinkGraphVariables.hpp 2KB
Callback.hpp 2KB
Solution.hpp 2KB
BkMaxFlow.hpp 2KB
Config.hpp 2KB
Backoff.hpp 2KB
MinCutDigraph.hpp 2KB
Math.hpp 1KB
LazyConstraintCallback.hpp 1KB
ChainGraph.hpp 1KB
CppUtils.hpp 1KB
ListsParser.hpp 657B
GraphVariables.hpp 603B
Verbosity.hpp 337B
Config.hpp.in 282B
LICENSE 1KB
README.md 3KB
TODO.md 508B
rank_normalization_figures.pdf 185KB
node_classes_by_alpha_array_scores.pdf 11KB
score_by_alpha_array.pdf 10KB
node_classes_ratios_by_alpha_array.pdf 9KB
Snakefile 12KB
mouse_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.72MB
mouse_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.72MB
mouse_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.72MB
mouse_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.72MB
mouse_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.72MB
human_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.3MB
human_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.3MB
human_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.3MB
human_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.3MB
human_string_induced_network_0.1_ens59.tsv 11.3MB
ensembl_human_mouse_orthologs_ens67.tsv 10.63MB
ensembl_human_mouse_orthologs_ens59.tsv 9.42MB
ensembl_human_ensg_enst_ensp_symbol_ens67.tsv 9.03MB
human_MA_calls_ensp_ens59.tsv 7.34MB
human_MA_calls_ensp_ens59.tsv 7.34MB
human_MA_calls_ensp_ens59.tsv 7.33MB
human_MA_calls_ensp_ens59.tsv 7.33MB
human_MA_calls_ensp_ens59.tsv 7.33MB
ensembl_mouse_affy_ens59.tsv 7.15MB
ensembl_mouse_affy_ens67.tsv 7.07MB
ensembl_human_ensg_enst_ensp_symbol_ens59.tsv 6.99MB
ensembl_mouse_affy_ens75.tsv 6.7MB
ensembl_mouse_human_orthologs_ens67.tsv 6.48MB
ensembl_mouse_human_orthologs_ens59.tsv 6.1MB
ensembl_mouse_ensg_enst_ensp_symbol_ens67.tsv 5.27MB
ensembl_cog_ALL_ens59.tsv 4.88MB
ensembl_mouse_ensg_enst_ensp_symbol_ens59.tsv 4.8MB
mouse_MA_calls_ensp_ens59.tsv 3.51MB
mouse_MA_calls_ensp_ens59.tsv 3.5MB
mouse_MA_calls_ensp_ens59.tsv 3.5MB
mouse_MA_calls_ensp_ens59.tsv 3.5MB
mouse_MA_calls_ensp_ens59.tsv 3.49MB
human_MA_scores_0.1_corrected.tsv 2.58MB
human_MA_scores_0.1_corrected.tsv 2.58MB
human_MA_scores_0.1_corrected.tsv 2.58MB
human_MA_scores_0.1_corrected.tsv 2.58MB
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