没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
cross-species-cellgroup-comparison:开发项目,用于比较跨物种的实验之间的细胞分组
共39个文件
png:14个
md:10个
r:4个
需积分: 11 0 下载量 76 浏览量
2021-03-26
23:39:00
上传
评论
收藏 1.27MB ZIP 举报
温馨提示
比较跨物种的实验之间的细胞分组 在单细胞表达图谱中,我们有趣的是将实验之间以及跨物种边界的细胞分组(簇,细胞类型)相关联,这可以通过每个组的“标记”基因来完成。 由于每组标记基因都是其衍生背景的产物(分类的细胞群体,亚组织,组织,整个生物体),因此必须匹配该背景以比较标记基因集(通过直系同源关系)。有效的。 考虑到这一点,此工作流程将: 从SCXA分析中获取andata对象,进行两个包含可比较的“有机”部分的实验,即使它们没有以相同的粒度进行标记。 在实验之间匹配生物部分,使用Uberon本体在生物部分注释的粒度不一致的地方重新标记。 仅将实验分为普通生物部分。 使用Scanpy重新过滤,重新标准化和重新衍生标记基因。 在两个实验之间派生映射的成对的细胞分组。 Snakemake工作流程 给定以下输入,此存储库中的Snakemake工作流程将执行上述步骤: 两个扩展名为.pro
资源详情
资源评论
资源推荐
收起资源包目录
cross-species-cellgroup-comparison-main.zip (39个子文件)
cross-species-cellgroup-comparison-main
.gitmodules 119B
marker_context
markers_context_pval.png 160KB
markers_context.png 197KB
markers_context_rank.png 290KB
compare_difflevel_markers.R 5KB
README.md 4KB
bin
compare_experiments.R 3KB
make_prediction_heatmap.R 1KB
compare_experiments.R.bak 4KB
compare_terms.R 4KB
example_outputs
E-HCAD-10_vs_E-ENAD-15.kidney.markeroverlap.1-100.prediction.heatmap.png 77KB
E-GEOD-125970_vs_E-ENAD-15.colon.report.md 6KB
E-GEOD-83139_vs_E-ENAD-15.pancreas.samap.defaults.prediction.heatmap.png 41KB
E-HCAD-10_vs_E-ENAD-15.kidney.report.md 19KB
E-GEOD-83139_vs_E-ENAD-15.pancreas.report.md 7KB
E-MTAB-5061_vs_E-ENAD-15.pancreas.samap.defaults.prediction.heatmap.png 51KB
E-GEOD-125970_vs_E-ENAD-15.colon.samap.defaults.prediction.heatmap.png 53KB
E-MTAB-5061_vs_E-ENAD-15.pancreas.markeroverlap.1-100.prediction.heatmap.png 53KB
E-GEOD-125970_vs_E-ENAD-15.colon.markeroverlap.1-100.prediction.heatmap.png 55KB
E-HCAD-1_vs_E-ENAD-15.lung.report.md 32KB
E-HCAD-1_vs_E-ENAD-15.spleen.report.md 15KB
E-MTAB-8410_vs_E-ENAD-15.ascending_colon.report.md 8KB
E-MTAB-5061_vs_E-ENAD-15.pancreas.report.md 11KB
E-MTAB-8410_vs_E-ENAD-15.ascending_colon.samap.defaults.prediction.heatmap.png 76KB
E-HCAD-10_vs_E-ENAD-15.kidney.samap.defaults.prediction.heatmap.png 82KB
E-GEOD-83139_vs_E-ENAD-15.pancreas.markeroverlap.1-100.prediction.heatmap.png 41KB
E-MTAB-8410_vs_E-ENAD-15.ascending_colon.markeroverlap.1-100.prediction.heatmap.png 76KB
config.yaml 494B
Snakefile 15KB
dag.pdf 22KB
envs
ontology_index.yml 57B
pheatmap.yml 84B
scanpy-scripts.yml 62B
marker_selection_params
README.md 1KB
find_most_successful_paramset.sh 635B
samap-workflow
dag.png 86KB
README.md 2KB
scripts
subset_anndata.py 193B
extract_meta.py 118B
共 39 条
- 1
摔了个呆萌
- 粉丝: 35
- 资源: 4675
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功
评论0