vsearch:用于微生物组分析的多功能开源工具

VSEARCH 介绍 该项目的目的是创建由Robert C. Edgar（2010）开发的工具的替代方案。 新工具应： 具有适当的开源许可证的开源代码 免费，免费 采用64位设计，可以处理非常大的数据库和超过4GB的内存 与usearch一样准确或更准确 比usearch快或快 我们已经实现了一个称为VSEARCH的工具，该工具支持基于从头和参考的嵌合体检测，聚类，全长和前缀去重复，重复复制，反向互补，掩蔽，全对全成对全局比对，精确和全局比对搜索，混排，二次抽样和排序。 它还支持FASTQ文件分析，过滤，转换和合并成对的末端读取。 VSEARCH代表矢量化搜索，因为该工具利用SIMD矢量化形式的并行性以及多个线程来高速执行精确对齐。 与默认情况下使用启发式种子和扩展对齐器的USEARCH相比，VSEARCH使用了最佳的全局对齐器（完全动态编程Needleman-Wunsch）。 这通常