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mirdeep2:从小RNA测序数据中发现已知和新颖的miRNA
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2021-05-28
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miRDeep2 README 关于 作者:塞巴斯蒂安·麦克科维克(Sebastian Mackowiak)和马克·弗里德兰德(MarcFriedländer) 这是Sebastian Mackowiak和MarcFriedländer开发的miRDeep2。 miRDeep2从深度测序数据中发现了活跃的已知或新颖的miRNA(Solya / Illumina,454,...)。 (对README , TUTORIAL , CHANGELOG和FAQ少量编辑,转换为Markdown,尾随空白删除和Marcel Schilling的CI设置) 要求 Linux系统,2GB Ram,足够的磁盘空间取决于您的深度测序数据 测试版 安装了Xcode和gcc编译器的MacOSX。 (这可以从appstore中获得,如果安装有任何问题,请在线寻求帮助)。 要编译Vienna软件包,可能需要安装G
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mirdeep2-master.zip (55个子文件)
mirdeep2-master
.travis.yml 1KB
CREDITS 306B
tutorial_dir
run_tut.sh 595B
mature_ref_other_species.fa 9KB
reads_collapsed.fa 59KB
sample_result.html 43KB
update5p_3p.zip 1.53MB
cel_cluster.fa 6KB
reads.fa 18.86MB
mature_ref_this_species.fa 250B
precursors_ref_this_species.fa 776B
LICENSE 34KB
src
extract_miRNAs.pl 2KB
illumina_to_fasta.pl 1KB
excise_precursors_iterative_final.pl 10KB
sanity_check_reads_ready_file.pl 6KB
sanity_check_mature_ref.pl 2KB
survey.pl 12KB
fastaselect.pl 2KB
collapse_reads_md.pl 3KB
quantifier.pl 46KB
geo2fasta.pl 2KB
select_for_randfold.pl 17KB
get_mirdeep2_precursors.pl 7KB
parse_mappings.pl 6KB
fastaparse.pl 2KB
make_html.pl 122KB
miRDeep2.pl 36KB
make_html2.pl 67KB
sanity_check_genome.pl 2KB
clip_adapters.pl 2KB
excise_precursors.pl 9KB
sam_reads_collapse.pl 2KB
sanity_check_mapping_file.pl 2KB
fastq2fasta.pl 1KB
miRDeep2_core_algorithm.pl 46KB
remove_white_space_in_id.pl 1KB
mirdeep2bed.pl 1KB
samFLAGinfo.pl 2KB
mapper.pl 23KB
rna2dna.pl 1KB
convert_bowtie_output.pl 2KB
bwa_sam_converter.pl 8KB
find_read_count.pl 1KB
prepare_signature.pl 5KB
perform_controls.pl 2KB
permute_structure.pl 3KB
Rfam_for_miRDeep.fa 18.72MB
FAQ.md 2KB
CHANGELOG.md 4KB
README.md 34KB
documentation.html 35KB
TUTORIAL.md 3KB
DISCLAIMER 350B
install.pl 21KB
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