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Circall:Circall是一种从配对末端RNA测序数据中发现环状RNA的新颖方法
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2021-03-31
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Circall版本0.0.0的文档 ################################################ ######### 最新消息 2020年5月30日:版本0.0.0 首次提交 1.简介 Circall是一种从配对末端RNA测序数据中发现环状RNA的新颖方法。 Circall的特点是采用准映射进行快速准确的比对,并采用多维局部错误发现方法进行circRNA候选评估,从而提高了circRNA检测的准确性。 方法出版物中描述了该方法的全部详细信息。 软件要求: Circall用R和C ++实现。 我们承认来自Sailfish,Rapmap和该软件中使用的其他工具的材料。 GCC的C ++-11兼容编译器版本(g ++> = 4.8.2) R软件包版本3.6.0或更高版本,并带有以下已安装的软件包:GenomicFeatures,Biostrings,f
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Circall-master.zip (29个子文件)
Circall-master
config.sh 247B
Circall.sh 12KB
include
ReadExperiment.hpp 9KB
EquivalenceClassBuilder.hpp 5KB
ExportFeq.hpp 937B
EmpiricalDistribution.hpp 2KB
spdlog
details
format.h 118KB
SACollectorCircall.hpp 26KB
.DS_Store 6KB
install.sh 1KB
src
EmpiricalDistribution.cpp 4KB
ExportFeq.cpp 5KB
Circall_pseudo.cpp 64KB
CMakeLists.txt 15KB
Circall_wt.cpp 72KB
TxIndexer.cpp 9KB
Circall_bsj.cpp 69KB
R
doSingleEndFiltering.R 1KB
export.R 790B
getFdr.R 440B
Circall_functions.R 32KB
doPairEndFiltering.R 2KB
createSqlite.R 586B
getPseudoCircRNAsequence.R 5KB
load_packages.R 1KB
buildBSJdb.R 10KB
Circall_simulator.R 18KB
README.md 15KB
Data
Circall_depdata_human.RData 87KB
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愍蟊朙
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