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familyvcf2fasta
共143个文件
fa:56个
vcf:26个
posinfo:8个
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2021-05-09
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vcf2fasta -writeconfig.py创建一个名为family.config的配置文件 -mfcVCFtoFASTA.py接受一个参数,一个配置文件,并生成可以用[phasing_family]分析的FASTA文件 已知问题*改进错误消息。 有时会怪问题。 *新的vcf删除了基因型之后的所有信息*我们不处理alt值中带有的变体。 我们应该。 *我们依靠vcf唯一标识符,如果不存在,则行为未定义。
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familyvcf2fasta (143个子文件)
family.config 511B
family_utest_4.config 458B
family_utest_3.config 458B
family_utest_1.config 458B
family_utest_5.config 458B
family_utest_2.config 458B
VCF.config 106B
VCF.config~ 103B
test_phaser.cpp 56KB
utils.cpp 18KB
phaser.cpp 17KB
synthetic_trio.cpp 13KB
mfc_similarity_phaser.cpp 7KB
fasta.cpp 7KB
build37-chr21.fa 46.67MB
samp21.fa 69KB
chr99.fa 408B
chr99.fa 408B
chr99.fa 408B
chr99.fa 408B
chr99.fa 408B
motherB.fa 230B
childA.fa 230B
fatherA.fa 230B
childB.fa 230B
fatherB.fa 230B
motherA.fa 230B
example.fa 230B
father_2.fa 215B
father_2.fa 215B
father_2.fa 215B
father_2.fa 215B
father_2.fa 215B
father_1.fa 214B
father_1.fa 214B
father_1.fa 214B
father_1.fa 214B
father_1.fa 214B
child_2.fa 211B
child_2.fa 211B
child_2.fa 211B
child_2.fa 211B
child_1.fa 210B
child_1.fa 210B
child_1.fa 210B
child_1.fa 210B
child_2.fa 209B
child_1.fa 208B
mother_2.fa 207B
mother_2.fa 207B
mother_2.fa 207B
mother_2.fa 207B
mother_2.fa 207B
mother_1.fa 206B
mother_1.fa 206B
mother_1.fa 206B
mother_1.fa 206B
mother_1.fa 206B
father_2.fa 150B
mother_2.fa 150B
child_2.fa 149B
father_1.fa 149B
mother_1.fa 149B
mother_2.fa 148B
child_1.fa 148B
mother_1.fa 147B
child_2.fa 143B
child_1.fa 142B
father_2.fa 140B
father_1.fa 139B
tmp_file.fasta 1KB
.gitignore 56B
.gitignore 5B
.gitignore 5B
.gitignore 5B
.gitignore 5B
.gitignore 5B
.gitignore 5B
phaser.h 6KB
utils.h 4KB
debug.h 1KB
fasta.h 544B
basic.h 340B
Makefile 2KB
README.md 633B
NA12880-chr21.posinfo 21B
NA12880-chr21-smaller.posinfo 19B
NA12880-chr21-tiny.posinfo 19B
window.posinfo 11B
window.posinfo 11B
window.posinfo 11B
window.posinfo 11B
window.posinfo 11B
NA12880-chr21.posinfo~ 20B
mfcVCFtoFASTA.py 13KB
findInterestingRegions.py 4KB
writeconfig.py 2KB
mfcVCFtoFASTA.py~ 5KB
findInterestingRegions.py~ 2KB
README 609B
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传奇panda
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