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DADA2_diatoms_pipeline:用于rbcL硅藻的DADA2自定义管道
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2021-02-25
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用于rbcL硅藻的DADA2管道 描述 这是一个自定义脚本,用于处理从官方上发布的工作流程直接修改的Illumina MiSeq HTS数据。 该脚本进行了一些修改以满足特定需求,并且已被证明可用于rbcL的硅藻元条形码。 分类分配步骤是使用Diat.barcode(Rimet et al.2018)完成的,Diat.barcode是硅藻的专业策划条形码库。 依存关系 管道需要安装一些软件包。 来自Bioconductor的ShortRead和dada2 : if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ShortRead") BiocManager::install("dada2") 来自CRAN的ggplot2
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DADA2_diatoms_pipeline-master.zip (5个子文件)
DADA2_diatoms_pipeline-master
.gitignore 40B
readme.html 721KB
DADA2_diatoms_pipeline.Rproj 205B
readme.md 2KB
pipeline.R 8KB
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