rrna_validation:ZOO6927 的最终项目 - 系统发育推断方法

16S rRNA HtS 树 Austin G. Davis-Richardson 这是我为 ZOO6927 - 系统发育推断方法所做的一个实验。 我试图对细菌中 16S rRNA 基因上不同区域的能力进行基准测试，以制作准确的系统发育树。 这是通过为具有全长和截断对齐的随机分类群创建树来实现的。 安装 适用于 Mac OS X 上的 Ruby 1.9。如果您想在 Linux 上运行，则必须为 treedist 和 MUSCLE 提供自己的二进制文件。 如果要在 Windows 上运行，则必须删除 Windows 并安装 Linux。 RAxML 是从源代码编译的。 像这样安装： $ sudo gem install bundle $ bundle $ rake 此时，您应该拥有所有必要的二进制文件和 greengenes 数据库。 您可以通过键入以下内容运行实验： $ bin