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qiime-default-reference:与QIIME一起使用的默认参考数据文件
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2021-05-22
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qiime-default-reference qiime-default-reference(标准发音为chime default reference )是一个Python软件包,其中包含与一起使用的默认参考数据文件。 当前的默认参考数据是从Greengenes 16S rRNA数据库版本13_8编译而来的。 有关更多详细信息,请参见下面的归因部分。 安装 要安装qiime-default-reference,请执行以下操作: pip install qiime-default-reference 运行测试 要运行qiime-default-reference的单元测试: nosetests --with-doctest qiime_default_reference 归因 从复制了此Python软件包中分发的参考数据: 改进的Greengenes分类法,具有明确的等级,可对细菌
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收起资源包目录
qiime-default-reference-master.zip (19个子文件)
qiime-default-reference-master
setup.py 3KB
.gitignore 688B
qiime_default_reference
__init__.py 11KB
tests
__init__.py 0B
test_init.py 3KB
gg_13_8_otus
trees
97_otus.tree.gz 928KB
rep_set
97_otus.fasta.gz 28.32MB
__init__.py 0B
rep_set_aligned
85_otus.pynast.fasta.gz 3.16MB
taxonomy
97_otu_taxonomy.txt.gz 1.24MB
.travis.yml 408B
MANIFEST.in 124B
LICENSE 195B
CHANGELOG.md 2KB
README.rst 3KB
.coveragerc 417B
licenses
burrito.txt 1KB
greengenes.txt 195B
scikit-bio.txt 1KB
共 19 条
- 1
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AaronGary
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