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lme4qtl:混合模型@lme4 + 自定义协方差 + 参数约束
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2021-05-29
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lme4qtl lme4qtl扩展了 R 包,用于数量性状位点 (qtl) 映射。 这完全是关于随机效应的协方差结构。 lme4qtl支持用户定义的矩阵,例如亲属关系或 IBD。 请参阅幻灯片介绍lme4qtl R 包或阅读我们的/。 包裹 持续响应 统计数据 lm(myTrait ~ myCovariate, myData) lme4 lmer(myTrait ~ myCovariate + (1|myID), myData) lme4qtl relmatLmer(myTrait ~ myCovariate + (1|myID), myData, relmat = list(myID = myMatrix)) 包裹 二进制响应 统计数据 glm(myStatus ~ 1, myData, family = binomial) lme4 glmer(myStatus ~
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lme4qtl-master.zip (70个子文件)
lme4qtl-master
vignettes
pedigreemm.Rmd 6KB
NAMESPACE 664B
DESCRIPTION 702B
inst
models
03-genetic-cor-toy.R 286B
01-random-slope-relmat.R 3KB
02-genetic-cor-poly.R 1KB
CITATION 814B
R
relmatLmer.R 14KB
varcov.R 2KB
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package.R 391B
plot.lib.R 927B
utils.lib.R 7KB
relmatAssoc.R 10KB
demo
simdat.R 998B
se.R 2KB
gwas.R 4KB
convergence.R 779B
profile.R 1KB
.travis.yml 55B
.Rbuildignore 123B
LICENSE 34KB
README.md 9KB
NEWS 3KB
data
dat40.RData 7KB
datalist 18B
man
figures
README-ex_prof-2.png 35KB
README-plot_prof_splom-1.png 151KB
README-ex_prof-1.png 32KB
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README-plot_prof-2.png 28KB
relmatGlmer.Rd 321B
relmatLmer.Rd 301B
varpropProf.Rd 286B
lme4qtlPackage.Rd 259B
tests
testthat
test-formulas.R 250B
test-input.R 2KB
test-relmatGlmer.R 1KB
test-relfac.R 2KB
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test-relmatPolygenicBivar.R 506B
test-scaleX.R 850B
test-randslope.R 4KB
test-logLik.R 743B
test-polyslope.R 726B
test-relmatLmer.R 473B
testthat.R 58B
misc
issues
03
example_script.R 2KB
01-rand1.R 1KB
02-check-ids.R 2KB
.gitignore 14B
16
01-predict.R 788B
12
01-replicate-error.R 2KB
07
02-gait2-dataset.R 965B
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20
01-models-misid.R 483B
01
script.R 724B
05
01-repeated-glmer-pedigreemm.R 1KB
02-repeated-sim-data.R 1KB
.gitignore 38B
22
cov-decomp.R 1KB
notes
datasets.md 186B
confint.md 357B
.gitignore 37B
README.Rmd 5KB
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行者无疆0622
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