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变量重新映射:用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道
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2021-02-25
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变量重映射 用于以FASTA格式在两个任意程序集之间重新映射VCF变量的管道。 不需要链文件。 方法:从每个变体的侧翼序列创建读段,然后使用bowtie2将它们映射到新的程序集。 目前,它仅是SNP和短indel,但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。 先决条件 要运行此管道,您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们,也可以使用 。 使用conda安装 git clone https://github.com/EBIvariation/variant-remapping.git conda env create -f conda.yml conda activate variant-remapping pip install -r requirements.txt 无conda安装 下载并手动安装以下程序,并确保可执行文件在您的PATH 然
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variant-remapping-master.zip (20个子文件)
variant-remapping-master
conda.yml 201B
docs
Technical_notes.md 1KB
Evaluating_pipeline.md 9KB
README_nextflow.md 754B
main.nf 15KB
.github
workflows
variant_remapping.yml 924B
tests
resources
new_genome.fa 4KB
genome.fa 4KB
source.vcf.gz 235B
test_pipeline.sh 1KB
LICENSE 11KB
variant_remapping_tools
replace_refs.py 2KB
tests
oldrefalleles.txt 5B
test_reverse_strand.py 4KB
test_replace_refs.py 2KB
reverse_strand.py 6KB
requirements.txt 44B
.gitignore 5B
remapping_commands.sh 8KB
README.md 3KB
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素寰韶
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