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TreehopperSeq:实用程序脚本,数据分析管道以及带有非模型生物的RNA-Seq的文档的集合
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2021-02-17
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TreehopperSeq 实用程序脚本,数据分析管道和非模型生物RNA-Seq的文档的集合。 此仓库中使用的软件: 三位一体(trinityRNAseq)/领结/ RSEM TRIMMOMATIC 领结2 EnTAP R(生物导体包装) RNA-Seq读取处理管线 TODO为RNA QC管道和自述文件添加脚本。 高质量修剪显示为“完成” 条PolyA尾巴完成 集合 制作小的测试数据集 注释和装配优化 TODO添加用于使用EnTAP注释读段的脚本,使用USEARCH来聚簇蛋白质组,并添加脚本来选择代表聚簇蛋白质组(改良的程序集)的核苷酸序列。 文件包括一个R Notebook文件,该文件概述了从EnTAP注释创建GoSeq的背景,创建GoSeq将使用的命名矢量以及运行浓缩分析(GoSeq_Walkthrough.RMD)的步骤。 还包括运行脚本所需的数据文件,以及使用这些
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TreehopperSeq-master.zip (50个子文件)
TreehopperSeq-master
SummarisePolyALogs.sh 833B
goTrimmomatic_polyA_pipelined.sh 2KB
unnamed-chunk-4-1.png 10KB
goBowtie2_Filter.sh 2KB
unnamed-chunk-3-1.png 13KB
SummariseTrimLogs.sh 836B
ECEF_GoTerm_Extended.txt 8.47MB
read_processing_2020
goTrimmomatic_polyA_pipelined.sh 3KB
goBowtie2_Filter.sh 2KB
srun_Trinity_pipelined.sh 2KB
goTrimmomatic_paired_pipelined.sh 3KB
2020_library_basenames.txt 5KB
2020_library_information.txt 14KB
bowtie2_func.sh 4KB
TPM_normalization_scaling.md 7KB
MLSeq_SpeciesSignal_tuneLength100.md 9KB
LICENSE 1KB
HeatmapProduction
ECEF.genes.counts.matrix.collapsed.wing.isos.txt 2.84MB
HV102.genes.counts.matrix.collapsed.wing.isos.txt 2.53MB
VST-counts-heatmapHomalodiscaWingGenes.R 5KB
VST-counts-heatmapEntyliaWingGenes.R 5KB
CandidateWingRelatedGenes_OrthoTranscriptIDs.txt 2KB
GoTermsMap.py 4KB
goTrimmomatic_paired_pipelined.sh 3KB
README.md 2KB
unnamed-chunk-11-1.png 4KB
ECEF_Genes_Lengths.txt 712KB
GoSeq_Walkthrough.md 10KB
EC_DESeq2_resdata.tab 6.63MB
bowtie2_func.sh 4KB
TPM_Normalization_Files
Hvit_Scaled_SizeNormed_Integer_TPM.matrix 2.26MB
Ecar_SizeNormed_Integer_TPM.matrix 2.6MB
tpm_normalization.pdf 268KB
ECEF_allSamples.isoform.TPM.not_cross_norm 4.39MB
Ofas_Scaled_SizeNormed_Integer_TPM.matrix 828KB
TPM_normalization_scaling.md 14KB
tpm_normalization.Rmd 7KB
HV_allSamples.isoform.TPM.not_cross_norm 3.78MB
Ofas_i5k.genes.isoform.TPM.not_cross_norm.matrix 1.13MB
EC-top30Abd_GoSeq_Wallenius.tab 16KB
dev
read_processing_2020
goEntap_uniref_pipelined.sh 2KB
goTrimmomatic_polyA_pipelined.sh 3KB
goBowtie2_Filter.sh 2KB
srun_Trinity_pipelined.sh 2KB
goRSEM.sh 3KB
goEntap_pipelined.sh 2KB
goTrimmomatic_paired_pipelined.sh 3KB
2020_library_basenames.txt 5KB
2020_library_information.txt 14KB
bowtie2_func.sh 4KB
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凯然
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