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machina:转移和克隆史综合分析框架
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MACHINA-转移和克隆史综合分析 MACHINA是一个计算框架,可使用DNA测序数据推断原发肿瘤和转移灶之间的迁移模式。 内容 安装 生物conda 如果尚未安装Anaconda或Miniconda ,请安装。 (推荐)为machina创建一个新的conda环境并激活它: conda create -n machina conda activate machina 设置conda的渠道bioconda (每巨蟒/ Miniconda安装一次): conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge 从Bioconda安装machina : conda install machina 手动编译 请注
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machina:转移和克隆史综合分析框架 (4779个子文件)
A1_5_e=0_01_c0=0_5_af=0_05_mlhtree_1 14KB
A1_5_SC_e=0_01_c0=0_5_af=0_05_mlhtree_2 10KB
A7_6_e=0_01_c0=0_5_af=0_05_mlhtree_2 14KB
A7_6_SC_e=0_01_c0=0_5_af=0_05_mlhtree_1 14KB
parse_all_results.bash 1KB
process_seed.bash 874B
create_pastri_input.bash 705B
create_phylowgs_input.bash 611B
run_phylowgs.bash 563B
run_all.bash 249B
process_table.bash 147B
get_seeds.bash 67B
FindGUROBI.cmake 3KB
simulation.cpp 51KB
ilppmhsolver.cpp 37KB
ilpsolverext.cpp 33KB
ilppmhtrsolver.cpp 30KB
ilppmhtisolver.cpp 26KB
rootedcladisticenumeration.cpp 24KB
rootedcladisticnoisyenumeration.cpp 21KB
clonetree.cpp 18KB
ilpsolver.cpp 17KB
msenumeration.cpp 11KB
solutiongraph.cpp 11KB
pmh_ti.cpp 10KB
perfectphylotree.cpp 10KB
readmatrix.cpp 9KB
ilpbinarizationsolver.cpp 9KB
basetree.cpp 8KB
rootedcladisticnoisyancestrygraph.cpp 8KB
pmh_tr.cpp 7KB
simulationmain.cpp 7KB
migrationtree.cpp 7KB
pmh.cpp 7KB
enumeratecanonicalclonetrees.cpp 6KB
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sankoff.cpp 6KB
rootedcladisticnoisysparseenumeration.cpp 6KB
migrationgraph.cpp 6KB
statetree.cpp 6KB
enumeratemutationtrees.cpp 5KB
frequencymatrix.cpp 5KB
gabowmyers.cpp 5KB
charactertree.cpp 4KB
rootedcladisticancestrygraph.cpp 4KB
mpbase.cpp 4KB
utils.cpp 4KB
ilppmhtrsolvercallback.cpp 4KB
ms.cpp 4KB
rfmain.cpp 3KB
sankofflabeling.cpp 3KB
pmh_sankoff.cpp 3KB
generatemain.cpp 3KB
visualizeclonetreemain.cpp 2KB
generatemutationtreesmain.cpp 2KB
perfectphylomatrix.cpp 2KB
clustermain.cpp 2KB
visualizemigrationgraphmain.cpp 2KB
solutionset.cpp 2KB
readsmain.cpp 2KB
perfectphylograph.cpp 2KB
realtensor.cpp 2KB
downsamplemain.cpp 2KB
statsmain.cpp 2KB
realmatrix.cpp 1KB
solution.cpp 1KB
cell.cpp 1KB
tensor.cpp 1KB
matrix.cpp 1KB
generatemigrationtreesmain.cpp 745B
basematrix.cpp 398B
A22_variants.csv 965KB
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T_seed300_mut10.dot 78KB
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吉莫吉鱼
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