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djvdj:一个R包,用于分析AVID-seq数据
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2021-02-18
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v djvdj软件包提供了一系列工具来分析和处理单细胞V(D)J测序数据。 这些工具非常简单,可以轻松集成到标准的工作流程中。 安装 您可以使用以下命令从安装djvdj的开发版本: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " rnabioco/djvdj " ) 进口 使用djvdj,您可以从导入V(D)J测序结果,并使用import_vdj()将这些数据添加到当前的对象中。 提供了一些附加功能,以基于一系列V(D)J度量(包括链,克隆型和CDR3序列filter_vdj()来过滤( filter_vdj() )和操纵( mutate_vdj() )Seurat对象。 # Import VDJ data paths <- c( KI_DN3_GE = " data/tcr/KI_DN3_TCR " ,
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djvdj-master.zip (82个子文件)
djvdj-master
codecov.yml 232B
.github
.gitignore 7B
workflows
pkgdown.yaml 2KB
pr-commands.yaml 2KB
R-CMD-check.yaml 3KB
test-coverage.yaml 1KB
check-bioc.yml 19KB
vignettes
tcr.Rmd 15KB
djvdj.Rproj 414B
NAMESPACE 810B
NEWS.md 78B
DESCRIPTION 1KB
inst
extdata
outs
filtered_contig_annotations.csv 25KB
R
data.R 323B
utils-pipe.R 207B
djvdj-package.R 272B
plots.R 33KB
utils-tidy-eval.R 2KB
utils.R 25KB
.Rbuildignore 171B
LICENSE 46B
LICENSE.md 1KB
README.md 3KB
pkgdown
_pkgdown.yml 439B
extra.css 51B
data
tiny_so.rda 111KB
tiny_vdj.rda 115KB
man
dot-split_vdj.Rd 644B
dot-set_lims.Rd 480B
tiny_so.Rd 316B
plot_abundance.Rd 2KB
figures
djvdj-logo-dark-3.png 41KB
djvdj-logo-2.png 12KB
djvdj-logo.png 13KB
README-usage-1.png 55KB
dot-convert_char.Rd 419B
mutate_vdj.Rd 786B
import_vdj.Rd 940B
dot-add_aes.Rd 420B
dot-set_lvls.Rd 332B
vdj_theme.Rd 547B
dot-create_bars.Rd 713B
dot-create_heatmap.Rd 798B
calc_usage.Rd 992B
plot_reads.Rd 1KB
tidyeval.Rd 2KB
plot_features.Rd 1KB
calc_similarity.Rd 917B
dot-get_vdj_cols.Rd 623B
plot_cell_count.Rd 2KB
dot-calc_abund.Rd 488B
summarize_chains.Rd 1KB
calc_diversity.Rd 1021B
plot_diversity.Rd 1KB
calc_abundance.Rd 831B
pipe.Rd 261B
plot_similarity.Rd 864B
filter_vdj.Rd 1KB
tiny_vdj.Rd 351B
dot-add_lm.Rd 545B
djvdj-package.Rd 907B
plot_usage.Rd 1KB
tests
testthat
test_plots.R 9KB
test_filter_vdj.R 2KB
test_calc_usage.R 432B
test_calc_abundance.R 978B
test_import_vdj.R 688B
test_summarize_chains.R 428B
test_mutate_vdj.R 1KB
test_calc_similarity.R 2KB
test_calc_diversity.R 2KB
testthat.R 477B
.gitignore 17B
data-raw
tiny.R 4KB
tcr.R 2KB
bcr.R 2KB
README.Rmd 4KB
articles
10x_GEM_vdj_cDNA.png 135KB
10x_vdj_read_layout.png 215KB
10x_GEM_RT.png 130KB
10x_GEM_generation.png 188KB
10x_vdj_workflow.png 262KB
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