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spp:SPP-R软件包,用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据
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2021-05-08
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ChIP-seq处理管道 用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据的软件包。 有关详细信息,请参见。 要求 安装了R(> = 3.3.0)的Unix风格的OS。 安装 由于版本1.15.4 spp在上可用,因此可以使用以下命令进行安装 install.packages("spp", dependencies=TRUE) 另外,您可以使用modtools安装spp: require(devtools) devtools::install_github('hms-dbmi/spp', build_vignettes = FALSE) 或者 下载包含的.tar.gz,并使用标准的R安装命令,例如: R CMD INSTALL spp_1.13.tar.gz 注意:自版本1.15.4起,Boost标头已合并并链接在一起,从而利用来避免由于非标准Boost库安装而引起的问题。
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spp-master.zip (49个子文件)
spp-master
man
densum.Rd 3KB
points.within.Rd 2KB
read.bowtie.tags.Rd 832B
remove.local.tag.anomalies.Rd 2KB
read.bam.tags.Rd 859B
read.meland.tags.Rd 1KB
output.binding.results.Rd 1KB
get.binding.characteristics.Rd 3KB
read.eland.tags.Rd 1KB
get.smoothed.enrichment.mle2.Rd 4KB
read.tagalign.tags.Rd 2KB
read.bin.maqmap.tags.Rd 842B
read.arachne.tags.Rd 1KB
get.smoothed.tag.density.Rd 3KB
get.conservative.fold.enrichment.profile.Rd 4KB
read.short.arachne.tags.Rd 1KB
write.narrowpeak.binding.Rd 1KB
get.broad.enrichment.clusters.Rd 2KB
spp-package.Rd 7KB
find.binding.positions.Rd 7KB
get.mser.interpolation.Rd 3KB
select.informative.tags.Rd 1KB
read.maqmap.tags.Rd 866B
read.helicos.tags.Rd 2KB
write.broadpeak.info.Rd 568B
writewig.Rd 1KB
get.conservative.fold.enrichment.profile2.Rd 4KB
get.smoothed.enrichment.mle.Rd 2KB
points_withinFunction.Rd 2KB
get.mser.Rd 2KB
add.broad.peak.regions.Rd 1KB
README.md 1KB
DESCRIPTION 530B
configure 109KB
R
zroutines.R 99KB
src
bed2vector.cpp 67KB
peaks.cpp 19KB
spp_init.c 3KB
wdl.cpp 15KB
api_global.h 774B
maqread.cpp 5KB
pc.h 107B
maqmap.c 4KB
const.h 412B
maqmap.h 2KB
Makevars.in 152B
cdensum.c 5KB
configure.ac 1KB
NAMESPACE 2KB
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蜜蜜蜜蜜糖
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