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NxtIRF:NxtIRF使用IRFinder引擎从BAM文件中量化内含子保留和选择性剪接。 具有交互式可视化功能,包括通过剪接...
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红外线 NxtIRF使用IRFinder引擎从BAM文件中量化内含子保留和选择性剪接。 具有交互式可视化功能,包括通过剪接连接点处的条件归一化的RNA-seq覆盖图。 安装 当前R(> = 4.0.0) Github的开发版本: library("devtools") install_github("alexw-gsct/NxtIRF", ref = "Thesis_branch", dependencies=TRUE) 小插图 browseVignettes("NxtIRF") 从NxtIRF Shinydashboard应用程序中保存交互式绘图 请注意,需要安装plotly / orca才能使用此功能。 有关如何在系统上安装plotly / orca的详细说明,请参见 。
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NxtIRF:NxtIRF使用IRFinder引擎从BAM文件中量化内含子保留和选择性剪接。 具有交互式可视化功能,包括通过剪接点水平的条件归一化的RNA-seq覆盖图 (144个子文件)
Mouse_mm9_nonPolyA_ROI.bed 4KB
Mouse_mm10_nonPolyA_ROI.bed 4KB
Human_hg38_nonPolyA_ROI.bed 2KB
Human_hg19_nonPolyA_ROI.bed 2KB
ReadBlockProcessor.cpp 26KB
IRFinder.cpp 20KB
covFile.cpp 20KB
ReadBlockProcessor_CoverageBlocks.cpp 19KB
BAM2blocks.cpp 12KB
RcppExports.cpp 7KB
Mappability.cpp 7KB
BAMReader.cpp 6KB
CoverageBlock.cpp 5KB
GZReader.cpp 4KB
GZWriter.cpp 2KB
FastaReader.cpp 1KB
FragmentBlocks.cpp 919B
metadata.csv 3KB
DESCRIPTION 2KB
.gitattributes 66B
.gitignore 675B
RNA.SpikeIn.ERCC.fasta.gz 28KB
Human_hg19_wgEncodeDacMapabilityConsensusExcludable.bed.gz 5KB
ReadBlockProcessor.h 6KB
ReadBlockProcessor_CoverageBlocks.h 3KB
BAM2blocks.h 3KB
covFile.h 3KB
CoverageBlock.h 2KB
FragmentBlocks.h 1KB
BAMReader.h 1KB
Mappability.h 802B
includedefine.h 770B
GZReader.h 538B
GZWriter.h 482B
FastaReader.h 219B
Visualisation.html 2.91MB
Experiment.html 2.21MB
Reference.html 1.03MB
LICENSE 1KB
Makevars 75B
README.md 738B
NAMESPACE 4KB
Schematic.png 246KB
Vis_8_Cov_8.PNG 212KB
Vis_8_Cov_7.PNG 191KB
Vis_8_Cov_6.PNG 166KB
Vis_8_Cov_5.PNG 156KB
Vis_8_Cov_4.PNG 143KB
Vis_8_Cov_3.PNG 125KB
Vis_1_Intro.PNG 118KB
Vis_7_Reset_1.PNG 100KB
Vis_2_DE.PNG 100KB
Vis_3_Volc_1.PNG 96KB
Expr_10_DE_3.PNG 95KB
Ref_1_title.png 93KB
Vis_3_Volc_3.PNG 93KB
Expr_7_SE.PNG 91KB
Vis_4_Diag_2.PNG 89KB
Vis_5_Gate_1.PNG 89KB
Vis_5_Gate_2.PNG 89KB
Vis_5_Gate_3.PNG 88KB
Expr_9_Filter_3.PNG 87KB
Expr_4_IRF_2.PNG 87KB
Expr_9_Filter_2.PNG 86KB
Expr_6_Collate.PNG 86KB
Ref_12_complete.png 86KB
Vis_8_Cov_1.PNG 84KB
Expr_6_Collate_Done.PNG 83KB
Expr_2a_ref_display.PNG 81KB
Expr_4_IRF_3.PNG 80KB
Expr_4_IRF_1.PNG 79KB
Expr_9_Filter_1.PNG 78KB
Expr_3a_bam_display.PNG 77KB
Vis_6_Heat_1.PNG 76KB
Vis_8_Cov_2.PNG 74KB
Vis_3_Volc_2.PNG 71KB
Expr_2_ref_select.PNG 69KB
Expr_5_anno_2.PNG 69KB
Ref_7_FASTA.png 69KB
Expr_5_anno_1.PNG 68KB
Ref_11_progress.png 68KB
Expr_1_empty.PNG 66KB
Ref_6_GTF.png 62KB
Ref_9_genome_type.png 62KB
Expr_3_bam_select.PNG 61KB
Ref_10_final.png 59KB
Ref_5_version.png 53KB
Ref_4_species.png 53KB
Expr_8_QC_1.PNG 51KB
Expr_8_QC_3.PNG 49KB
Ref_8_USER.png 49KB
Ref_2_ref_empty.png 47KB
Vis_4_Diag_1.PNG 42KB
Expr_10_DE_1.PNG 39KB
Expr_10_DE_2.PNG 38KB
Ref_3_path_create.png 38KB
Ref_3_path.png 37KB
Expr_8_QC_2.PNG 35KB
System_single_thread.png 23KB
dash_server.R 118KB
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苏鲁定
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