MethylExtract:BS-Seq实验获得的高质量甲基化图谱和SNV-开源

MethylExtract是一种用户友好的工具，可生成i）高质量的全基因组甲基化图谱，以及ii）检测同一样品前处理中的序列变异。 该程序在单个脚本中实施，并考虑了所有主要错误源：测序错误，亚硫酸氢盐失败，克隆读取和单核苷酸变异。 MethylExtract以与VarScan类似的方式检测变异（SNV –单核苷酸变异），这是一种非常敏感的方法，广泛用于SNP和基于非亚硫酸氢盐处理的读码的基因型调用。