sfs-num分析
该存储库包含R脚本,用于在相当普遍的人口统计学和单一人群选择条件下对Wright-Fisher扩散进行数值分析。 这是基于描述的理论和方案的
可以使用以下命令执行单个运行
Rscript run_solution_single.r <>
必需的参数在run_solution_single.r的注释中描述。 所有时间参数均根据初始人口规模以合并单位给出。
设置等位基因频率网格
当前的数值算法要求,当频率网格中的步长发生变化时,其变化幅度必须为原来的两倍。 由于低频频谱非常陡峭,非常需要一个不均匀的网格。 网格的另一个限制是它应该从0开始到1结束。我通常没有解决找到满足这两个要求的网格的问题。 相反,我发现了两个似乎运行良好的网格。 文件x_setup.r和x_setup_test.r提供了一个大网格和一个小网格。 相对于我们选择的大网格来说,它工作得很好,但是当S变