pre-pe:预处理使用特定于实验的协议产生的配对末端读数

Pre-pe是用于预处理配对末端读取的一组工具。 它们可修剪通用测序适配器，剪辑实验特定的适配器，识别内联条形码并合并重叠的末端。 pre-pe中的每个工具都具有非常相似的功能，但适用于不同的数据类型（请参见下文）。 运行pre-pe的常规命令行如下所示： seqtk mergepe read1.fq.gz read2.fq.gz | pre-adna - | gzip > pe-se-mixed.fq.gz 此处， 命令行生成交错的FASTQ流。 如果您的FASTQ已经交错，则可以跳过此步骤。 默认情况下，成对的端和合并的单端读取合并到单个流中。 您可以使用直接将输出映射为 pre-meta interleaved.fq.gz | bwa mem -p ref.fa - | gzip > output.sam.gz 其他大多数短读映射器都没有此功能。 Pre-pe包含以下工具：