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cafr:吸引子查找算法
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2021-04-27
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卡夫 吸引子查找算法 要安装cafr : install.packages( " devtools " ) require( devtools ) install_github( " cafr " , " weiyi-bitw " ) 一个好的开始方法是查看帮助文档中函数clusterAttractors.R给出的示例。 ? clusterAttractors 该软件包还包含一些脚本,这些脚本可在SGE框架下并行执行。 您可以参考cafr/parallel/README.txt以获得信息。
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cafr-master.zip (64个子文件)
cafr-master
.gitignore 49B
NAMESPACE 378B
R
AttractorSet.R 5KB
loadClin.R 820B
findCorrAttractor.R 933B
createMetageneSpace.R 3KB
summarizeGenes.R 710B
findCytoband.R 857B
outputAttractors.R 808B
attractorScanningGL.R 3KB
attractorScanning.R 1KB
CAFrun.R 549B
Attractor.R 2KB
parAttractorScanning.R 2KB
findGLAttractor.R 1KB
getMI.R 1KB
clusterAttractors.R 4KB
clusterGLAttractors.R 4KB
zzz.r 438B
summarizeAttractorScanningGL.R 638B
getAllMIWz.R 752B
getAllCorWz.R 537B
loadExpr.R 558B
probeSummarization.R 1KB
getCorr.R 309B
findAttractor.R 1KB
data
genome.rda 527KB
brca.pbs.rda 498KB
ov.rda 633KB
attractome.rda 1KB
src
splineMI.c 14KB
pearsonCorr.c 1KB
splineMI.h 1KB
summarize.c 3KB
caf.c 4KB
fuf.c 792B
pearsonCorr.h 256B
fuf.h 107B
symbols.rds 1KB
man
ov.Rd 745B
attractorScanningGL.Rd 4KB
loadExpr.Rd 2KB
outputAttractors.Rd 2KB
attractome.Rd 861B
createMetageneSpace.Rd 4KB
findAttractor.Rd 3KB
probeSummarization.Rd 3KB
clusterAttractors.Rd 3KB
attractorScanning.Rd 3KB
getMI.Rd 3KB
genome.Rd 537B
brca_pbs.Rd 911B
Attractor.Rd 4KB
findGLAttractor.Rd 3KB
cafr-package.Rd 2KB
parAttractorScanning.Rd 3KB
getCorr.Rd 2KB
AttractorSet.Rd 5KB
README.md 444B
parallel
parallel.sge.R 1KB
mergeResults.R 2KB
sgeCafr.sh 163B
README.txt 1KB
DESCRIPTION 866B
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RonaldWang
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