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run_dbcan:Run_dbcan V2,使用任何组装的有机体(原核生物,真菌,植物,动物,病毒)的基因组元数据组蛋白质组来...
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run_dbcan 地位 的独立工具 由黄乐在NKU的张实验室改写; V1版本由NIU的Yin实验室的Tanner Yohe编写。 更新 v2.0.11请使用pip install run-dbcan==2.0.11进行更新 将EC号预测添加到hotpep结果中; 2020年4月21日dbCAN2 Hotpep PPR模式已更新到最新版本的CAZyDB(2019)。 还缺少添加的家庭的组EC#文件; 将hotpep中的输出名称文件修改为随机数,以使程序更强健地进行并行运行。 在为CGC-Finder准备gff输入文件时,将CAZyme预测优先于TF / TC / STP预测。 重写安装步骤。 建议用户使用自定义的虚拟环境(使用某些python版本)。 修复tf-2.hmm的重复ACC,使其与最新的hmmer(3.3)兼容。 将版本limitatino删除为hmmer。 用";
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run_dbcan:Run_dbcan V2,使用任何组装的有机体(原核生物,真菌,植物,动物,病毒)的基因组元数据组蛋白质组来搜索CAZymes (879个子文件)
setup.cfg 36B
Dockerfile 5KB
EscheriaColiK12MG1655.faa 1.67MB
EscheriaColiK12MG1655.fna 4.48MB
EscheriaColiK12MG1655.gff 2.72MB
.gitignore 1KB
MANIFEST.in 28B
LICENSE 34KB
README.md 16KB
run_dbcan.py 25KB
CGCFinder.py 5KB
add_functions_orf.py 5KB
bact_group_many_proteins_many_patterns.py 4KB
parallel_group_many_proteins_many_patterns_noDNA.py 3KB
train_many_organisms_many_families.py 2KB
setup.py 2KB
hmmscan-parser.py 2KB
list_multidomain_proteins.py 1KB
hotpep_data.py 232B
__init__.py 0B
README 2KB
run_dev_dbcan 315B
GT0_conserved_peptides.txt 225KB
GT2_conserved_peptides.txt 201KB
GH23_conserved_peptides.txt 194KB
GT4_conserved_peptides.txt 162KB
GT1_conserved_peptides.txt 127KB
CBM50_conserved_peptides.txt 126KB
CE4_conserved_peptides.txt 114KB
GH5_conserved_peptides.txt 112KB
GH25_conserved_peptides.txt 106KB
GH43_conserved_peptides.txt 103KB
GH18_conserved_peptides.txt 102KB
GT9_conserved_peptides.txt 102KB
CBM13_conserved_peptides.txt 100KB
GH0_conserved_peptides.txt 100KB
CBM32_conserved_peptides.txt 97KB
GT25_conserved_peptides.txt 90KB
GH3_conserved_peptides.txt 90KB
GH73_conserved_peptides.txt 89KB
GH24_conserved_peptides.txt 89KB
GT51_conserved_peptides.txt 83KB
GT83_conserved_peptides.txt 79KB
GH13_conserved_peptides.txt 79KB
GT26_conserved_peptides.txt 75KB
GT8_conserved_peptides.txt 75KB
CBM5_conserved_peptides.txt 74KB
GT32_conserved_peptides.txt 73KB
GH16_conserved_peptides.txt 70KB
CBM2_conserved_peptides.txt 69KB
GH33_conserved_peptides.txt 66KB
GH20_conserved_peptides.txt 65KB
GH2_conserved_peptides.txt 63KB
GH32_conserved_peptides.txt 61KB
GT28_conserved_peptides.txt 58KB
GH28_conserved_peptides.txt 57KB
GH1_conserved_peptides.txt 55KB
GH19_conserved_peptides.txt 55KB
CBM6_conserved_peptides.txt 55KB
GH31_conserved_peptides.txt 54KB
GH10_conserved_peptides.txt 54KB
CE9_conserved_peptides.txt 53KB
GH39_conserved_peptides.txt 52KB
CBM48_conserved_peptides.txt 51KB
GH29_conserved_peptides.txt 47KB
CBM35_conserved_peptides.txt 46KB
CE1_conserved_peptides.txt 46KB
GH26_conserved_peptides.txt 46KB
PL1_conserved_peptides.txt 45KB
CE8_conserved_peptides.txt 45KB
CBM14_conserved_peptides.txt 45KB
GT31_conserved_peptides.txt 44KB
GH17_conserved_peptides.txt 44KB
GH78_conserved_peptides.txt 41KB
GH36_conserved_peptides.txt 40KB
GH30_conserved_peptides.txt 40KB
GT30_conserved_peptides.txt 40KB
AA10_conserved_peptides.txt 40KB
GH103_conserved_peptides.txt 39KB
GH108_conserved_peptides.txt 38KB
CE14_conserved_peptides.txt 37KB
GH15_conserved_peptides.txt 36KB
CBM1_conserved_peptides.txt 35KB
GT41_conserved_peptides.txt 34KB
PL0_conserved_peptides.txt 33KB
GT14_conserved_peptides.txt 33KB
CBM20_conserved_peptides.txt 31KB
AA1_conserved_peptides.txt 31KB
GT19_conserved_peptides.txt 31KB
GT5_conserved_peptides.txt 30KB
GH92_conserved_peptides.txt 30KB
GH38_conserved_peptides.txt 30KB
GH105_conserved_peptides.txt 29KB
CBM73_conserved_peptides.txt 28KB
CBM43_conserved_peptides.txt 28KB
GH35_conserved_peptides.txt 28KB
CE12_conserved_peptides.txt 27KB
GH51_conserved_peptides.txt 26KB
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凌冽的风
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