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purge_dups:单倍型重复鉴定工具
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2021-05-08
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Purge_Dups 根据读取深度清除部件中的单体型和重叠 目录结构 scripts / pd_config.py:用于生成run_purge_dups.py使用的配置文件的脚本。 scripts / run_purge_dups.py:运行purge_dups管道的脚本。 scripts / run_busco:运行busco的脚本,依赖项:busco。 scripts / run_kcm:制作k-mer比较图的脚本。 scripts / sub.sh:提交场作业的shell脚本。 src:purge_dups源文件。 src / split_fa:用'N's分割fasta文件。 src / pbcstat:根据pacbio数据为程序集创建读取深度直方图和基本级别的读取深度。 src / ngstat:根据照明数据为装配创建读取深度直方图和基本级别读取深度。 src
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purge_dups-master.zip (34个子文件)
purge_dups-master
src
kvec.h 3KB
opt.c 3KB
paf.h 637B
ksort.h 6KB
version.h 572B
sdict.c 2KB
bamlite.h 4KB
opt.h 1KB
asset.h 2KB
ngscstat.c 8KB
sdict.h 538B
cov.h 840B
split_fa.c 2KB
asset.c 12KB
cov.c 2KB
khash.h 21KB
pbcstat.c 5KB
get_seqs.c 11KB
makefile 751B
bamlite.c 7KB
paf.c 2KB
calcuts.c 15KB
kseq.h 9KB
purge_dups.c 45KB
purge_dupspipeline.png 265KB
LICENSE 1KB
scripts
pd_config.py 5KB
run_busco 1KB
run_purge_dups.py 13KB
sub.sh 284B
run_busco2 856B
hist_plot.py 3KB
run_kcm 1KB
README.md 11KB
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水瓶座的兔子
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