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SirIsaac:自动化动力学系统推论
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2021-03-11
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艾萨克爵士 自动化动力学系统推论。 主要目标:给定实验动力系统轨迹,找到可以预测未来轨迹的动力系统。 参考 适用于实验数据的SirIsaac算法的示例出现在以下出版物中: 丹尼尔斯,不列颠哥伦比亚省,柳,WS,和内曼曼,I。(2019)。 秀丽隐杆线虫逃逸动态的自动化,预测性和可解释性推断。 程序。 Natl。 学院科学美国。 SirIsaac方法背后的理论和原理的详细信息如下: 丹尼尔斯,不列颠哥伦比亚省和内曼曼,I。(2015年)。 现象学动力学模型的自动自适应推论。 自然通讯,6,8133。 丹尼尔斯,不列颠哥伦比亚省和内曼曼,I。(2015年)。 使用S系统和交替回归的细胞动力学简约现象学模型的有效推论。 Plos One,10(3),e0119821。 依存关系 Python 2.6或更高版本(不是Python 3) 西皮Matplotlib (安装上述工具的一种方
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SirIsaac-master.zip (54个子文件)
SirIsaac-master
SirIsaac
powerLawNetwork.py 8KB
examplePhosphorylationFittingModel.model 63KB
outputTag.py 3KB
fittingProblem.py 208KB
yeastExampleData.fittingData 113KB
sloppyCellTest.py 3KB
fitAllParallel.py 25KB
generateEnsembleParallel.py 1KB
gaussianPrior.py 2KB
simpleSinusoidalNetwork.py 4KB
localFitParallel.py 5KB
runFittingProblem.py 22KB
varyingParamsWrapper.py 3KB
phosphorylationFit_MakeBNGL.py 12KB
transcriptionNetwork.py 3KB
linalgTools.py 799B
runPowerLawDerivFit.py 10KB
plotMatrix.py 4KB
analyzeFittingProblemDict.py 28KB
polynomialNetwork.py 2KB
__init__.py 106B
matlab.py 3KB
planetaryNetwork.py 1KB
laguerreNetwork.py 3KB
optimize.py 815B
ctsnNetwork.py 7KB
phosphorylationFit_netModel.py 6KB
simulateYeastOscillator.py 13KB
simplePickle.py 427B
fittingProblemMultipleCondition.py 12KB
fakeData.py 5KB
simplePhosphorylationNetwork.py 2KB
printFittingProblemDict.py 967B
powerLawYeastOscillator.py 16KB
yeastOscillator
run_ruoff_model_python_interface.m 957B
Ruoff_model_original.m 3KB
run_Ruoff_model.m 2KB
makeSloppyEnsemble.py 5KB
mpi_basic.py 2KB
simpleExample.py 8KB
test
__init__.py 0B
test_fitting_problem.py 1KB
test_parallel.py 5KB
test_canary.py 268B
LICENSE 1KB
simpleExample_makeData.py 1KB
simpleExample.ipynb 1014KB
requirements.txt 111B
simpleExample_data.txt 10KB
setup.py 536B
.gitignore 889B
simpleExample_savedFittingProblem.data 641KB
README.md 2KB
Installation.md 2KB
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