没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
CaspPhos:半胱天冬酶底物分析。 它几乎也能正常工作
共72个文件
h5:22个
py:7个
pyc:7个
需积分: 9 0 下载量 189 浏览量
2021-04-30
00:23:51
上传
评论
收藏 76.69MB ZIP 举报
温馨提示
项目与动机 该脚本可视化caspase底物裂解位点的特征。 这是在我先前组装炎性半胱天冬酶裂解位点数据库的工作的基础上进行的。 这主要是caspase-1,因为已知的底物比4/5和11多得多。该脚本中展示的工具可能潜在地适用于任何蛋白酶位点。 技术与框架 R和Python以集成的Rmarkdown脚本main.rmd的形式main.rmd 。 这是机器学习密集型的,因此可以通过配置conda环境(请参阅下文)最轻松地获取依赖项。 Anaconda是使用标准python安装中未包括的面向数学的工具构建的,例如numpy和pandas。 DeepPhos从其中无法运行,但已对其进行了修改和修复以在此处工作。 可以在主项目文件夹中的example-plots图中找到预渲染的示例输出图。 依存关系 SessionInfo()的输出可以在./resources/sessioninfo.txt找
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
CaspPhos-main.zip (72个子文件)
CaspPhos-main
libraries
countspecies.R 1KB
preparesites.R 682B
README.html 727KB
.idea
misc.xml 201B
Substrate_Analysis.iml 333B
.name 10B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 288B
.gitignore 47B
vcs.xml 180B
LICENSE 34KB
CaspPhos.Rproj 205B
README.md 4KB
main.html 2.79MB
example-plots
phosphate-site-prevalence.png 80KB
species-conservation.png 61KB
Caspase-1H-hydrophobicity.png 326KB
Caspase-consensus.png 785KB
tSNE.png 69KB
data
raw
Caspase_substrates.csv 32KB
Caspase_substrate_table.xlsx 62KB
Caspase_substratesOLD.csv 29KB
processed
Caspase4
all_potential_ST.csv 3KB
general_ST_prediction_phosphorylation.txt 2KB
general_Y_prediction_phosphorylation.txt 444B
all_potential_Y.csv 521B
Caspase1
all_potential_ST.csv 9KB
general_ST_prediction_phosphorylation.txt 8KB
general_Y_prediction_phosphorylation.txt 1KB
all_potential_Y.csv 1KB
resources
SessionInfo.txt 2KB
references.bib 3KB
style.css 213B
.gitignore 40B
deepphos
sh.exe.stackdump 706B
models
model_group_AGC.h5 3.77MB
model_family_PKC.h5 3.77MB
model_general_Y.h5 3.77MB
model_subfamily_CDK2.h5 3.77MB
model_group_CAMK.h5 3.77MB
model_subfamily_SrcA.h5 2.78MB
model_kinase_CDC2.h5 3.77MB
model_subfamily_CDC2.h5 3.77MB
model_subfamily_ERK1.h5 3.77MB
model_family_CDK.h5 3.77MB
model_family_CK2.h5 3.77MB
model_group_TK.h5 2.78MB
model_kinase_PKCa.h5 3.77MB
model_family_Src.h5 2.78MB
model_group_CMGC.h5 3.77MB
model_general_S,T.h5 3.77MB
model_subfamily_PKCa.h5 3.77MB
model_family_MAPK.h5 3.77MB
model_kinase_CK2a1.h5 3.77MB
model_group_Atypical.h5 3.77MB
model_kinase_PKACa.h5 3.77MB
model_kinase_SRC.h5 2.78MB
predict.py 3KB
__pycache__
predict.cpython-36.pyc 3KB
predict.cpython-37.pyc 3KB
methods
dataprocess_predict.py 3KB
__init__.pyc 137B
dataprocess_train.py 3KB
phosnet.py 8KB
__init__.py 0B
__pycache__
model_n.cpython-37.pyc 2KB
__init__.cpython-37.pyc 146B
phosnet.cpython-37.pyc 5KB
dataprocess_predict.cpython-37.pyc 2KB
model_n.py 3KB
python-diagnostic.py 723B
main.Rmd 22KB
共 72 条
- 1
资源评论
人间发财树
- 粉丝: 24
- 资源: 4560
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功