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RYUTO:龙人
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2021-03-25
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概述 Ryuto是一种使用网络流和新颖的拼接图扩展程序,用于准确,快速地进行转录本组装和定量的工具。 引用: Gatter,Thomas和Peter F. Stadler。 “Ryūtō:基于网络流的转录组重建。” BMC生物信息学20.1(2019):190。 Bioconda 可通过 conda install ryuto 预编译 作业系统 二进位 通用Linux,动态链接(推荐) 通用Linux,静态libc 所有用户都必须安装g ++才能使预编译的动态二进制文件起作用。 例如,用于Fedora: sudo dnf install gcc-c++ 静态版本为Linux发行版提供了libstdc ++和libgcc静态链接,这些发行版无法提供支持> = C11的库。 使用 在其基本用例中,仅需要提供Ryuto的输出目录和RNA-Seq使用的库类型:您必须至少提供一个sam或bam
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RYUTO:龙人 (175个子文件)
configure.ac 2KB
Makefile.am 2KB
Makefile.am 16B
base_manager_flow_handler.cc 345KB
bam_reader.cc 192KB
base_manager_buildgraph.cc 124KB
gffReader.cc 25KB
alternative_transcript_collection.cc 22KB
count_raw_edge.cc 21KB
path_finder.cc 20KB
base_controller.cc 19KB
options.cc 18KB
count_raw_node.cc 14KB
mincost_flow_base.cc 14KB
single_path_heuristic_evidence_length_penalty.cc 12KB
chromosome.cc 12KB
single_path_heuristic.cc 10KB
exhaustive_enum.cc 9KB
region.cc 9KB
transcript.cc 8KB
exon_edge.cc 5KB
pre_graph.cc 4KB
bam_guided_reader.cc 4KB
capacity_mean.cc 4KB
range_helper.cc 3KB
mincost_flow_square_hcost.cc 3KB
exon_group.cc 3KB
arc_range.cc 3KB
raw_series_counts.cc 3KB
raw_atom.cc 2KB
connection_iterator.cc 2KB
mincost_flow_square.cc 2KB
read_collection.cc 2KB
arc_bridge.cc 2KB
read.cc 2KB
flow_series.cc 1KB
arc_back_bridge.cc 1KB
overlap_node.cc 1KB
contained_node.cc 1KB
path_evidence.cc 1KB
transcript_unsecurity.cc 887B
exon.cc 844B
logger.cc 825B
bam_controller.cc 680B
exon_group_count.cc 671B
main.cc 646B
arc_identifier.cc 644B
edge_length.cc 610B
path.cc 518B
exon_meta.cc 422B
interval.cc 420B
unsecurity_id.cc 354B
connected.cc 283B
reader_base.cc 229B
compile 32B
configure 209KB
depcomp 32B
.dirstamp 0B
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.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
config.guess 37B
lemon_mod.tar.gz 637KB
base_manager.h 24KB
options.h 10KB
bam_reader.h 5KB
path_finder.h 5KB
mincost_flow_base.h 4KB
double_deque.h 3KB
chromosome.h 2KB
exon_edge.h 2KB
alternative_transcript_collection.h 2KB
pre_graph.h 2KB
exhaustive_enum.h 2KB
raw_atom.h 2KB
read_collection.h 2KB
gffReader.h 2KB
exon_group.h 2KB
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Craig林
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