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CNN预测TMB
共61个文件
py:26个
xml:12个
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2021-02-15
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CNN预测TMB tsv文件用来计算TMB值(R脚本)膀胱癌——BLCA结肠癌——COAD直肠癌-阅读肝癌——LIHC四个文件夹分别为膀胱癌,结肠癌,肝癌和直肠癌代码,代码实体基本一致,仅文件读取。存储地址部分需要修改。其他内容可参考代码注释。运行顺序为 筛选器:筛选病理图像,保证每个病例都有对应的基因数据可以计算TMB值 tmb_threshold:R脚本根据tsv文件的基因数据计算每个案例的TMB值,根据折线回归法选取TMB阈值 splitDataset:根据上一步计算的阈值将所有病例分为高低TMB(标签),注意只挑选20倍放大的病灶区切图数据 splitTrainV:将数据分为训练集,验证集和测试集 model_train_46:训练 预测:预测 1.5。 get20x和4.5.splitTrainV_correct_local可省略,step1-4可在本地运行(需安装python
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CNN-predict-TMB-master.zip (61个子文件)
CNN-predict-TMB-master
TCGA-COAD.muse_snv.tsv 19.93MB
TCGA-LUSC.muse_snv.tsv 15.26MB
TCGA-READ.muse_snv.tsv 5.06MB
TCGA-LUAD.muse_snv.tsv 16.55MB
liver
1.filter.py 966B
2.tmb_threshold.R 2KB
4.splitTrainV.py 7KB
predict.py 2KB
model_train_46.py 3KB
.RData 1.06MB
.Rhistory 4KB
.idea
liver.iml 284B
misc.xml 185B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 262B
.gitignore 47B
3.splitDataSet.py 2KB
4.5.splitTrainV_correct_local.py 2KB
1.5.get20x.py 735B
coad
1.filter.py 902B
2.tmb_threshold.R 2KB
4.splitTrainV.py 7KB
predict.py 2KB
model_train_46.py 3KB
.idea
misc.xml 185B
coad.iml 284B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 260B
.gitignore 47B
3.splitDataSet.py 2KB
1.5.get20x.py 735B
TCGA-BLCA.muse_snv.tsv 11.36MB
eval.py 4KB
train5.0.py 7KB
README.md 996B
TCGA-LIHC.muse_snv.tsv 4.52MB
read
1.filter.py 903B
2.tmb_threshold.R 2KB
4.splitTrainV.py 7KB
predict.py 2KB
model_train_46.py 3KB
.idea
read.iml 284B
misc.xml 185B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 260B
.gitignore 47B
3.splitDataSet.py 2KB
1.5.get20x.py 735B
bladder
1.filter.py 961B
2.tmb_threshold.R 2KB
4.splitTrainV.py 7KB
tmb.eps 23KB
make_tiles.py 2KB
TCGA-BLCA.muse_snv.tsv 11.36MB
.idea
misc.xml 185B
bladder.iml 284B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 266B
.gitignore 47B
3.splitDataSet.py 2KB
rename.py 517B
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