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MATLAB用拟合出的代码绘图-earlyFIT:同时将一个流行病模型集成到一个或多个区域的框架
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2021-05-21
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MATLAB用拟合出的代码绘图EarlyFIT earlyFIT是一个Octave框架,可将一个流行模型的集合同时适合一个或多个区域。 该名称源于这样的事实,即在数据很少的情况下,它适合于爆发早期的流行病模型。 我还想避免以名称明显提及2019-2020年大流行。 要使用它,只需编辑并启动earlyFIT.m脚本,该脚本应进行注释以具有自我描述性。 该脚本应易于适应MATLAB,但尚未对此进行任何尝试,并且肯定至少有几个Octave函数调用需要用MATLAB中的其他函数替换。 该工具背后的想法是一次将一个模型集成到一个或多个区域。 可以从多个在线来源之一或从给定的文件中导入数据(仅允许累积发生率,但可以根据发生率选择进行拟合),同时可以使用以下模型进行拟合: 指数(常规和广义) 物流(常规和广义) Gompertz(常规和广义) 理查兹(常规和广义) 子波(基于广义理查兹) SIR(常规和非均匀混合) SEIR SEmInR(对Erlang分布式时间的SIR / SEIR概括) 其中1-4型的通用版本允许早期的亚指数级增长。 根据使用的特定模型,可以使用用户功能来修改增长率(r)或传输
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earlyFIT-master.zip (31个子文件)
earlyFIT-master
sir_ode.m 411B
sub_wave_nsub.m 261B
add_error.m 476B
output_stuff.m 3KB
README.md 9KB
growth_model.m 4KB
evaluate_model.m 400B
sub_wave_ode.m 243B
fit_boots.m 1KB
myfilter.m 362B
get_iod.m 234B
LICENSE 1KB
load_data.m 2KB
seminr_ode.m 811B
load_covid_ita.m 2KB
user_functions.m 641B
model_param.m 3KB
pre_process.m 2KB
bootstrap.m 1KB
load_covid_jhu.m 2KB
richards_guess.m 518B
earlyFIT.m 5KB
guess_param.m 3KB
seir_ode.m 513B
is_octave.m 241B
evaluate_boots.m 268B
get_weights.m 509B
ensemble.m 2KB
from_guess_to_param.m 2KB
fit_model.m 1KB
myfit.m 625B
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