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matlabfcm函数代码-CyTOF-Linear-Classifier:LDA在大量细胞计数数据上
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2021-05-26
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matlab fcm函数代码CyTOF线性分类器 LDA在大量细胞计数数据上 这是在“预测单细胞大规模细胞计数数据中的细胞群体”中提出的LDA分类器的实现,这是一种注释CyTOF数据集的自动化方法。 实施说明 函数模型= CyTOF_LDAtrain(SamplesFolder,mode,LabelsFolder,RelevantMarkers,arcsinh_transform) CyTOF_LDAtrain函数可用于在标记的CyTOF样本上训练线性判别分析(LDA)分类器。 然后,训练有素的分类器模型可以用于自动注释新的CyTOF样本。 有关完整说明,请检查CyTOF_LDAtrain 函数预测= CyTOF_LDApredict(TrainedModel,DataFolder,mode,RejectionThreshold) 基于使用CyTOF_LDAtrain函数的LDA分类器,CyTOF_LDApredict函数可用于为新样品生成自动细胞类型注释。 有关完整说明,请检查CyTOF_LDApredict 在R和Matlab中都可以实现 “示例”文件夹包含R笔记本,这些笔记本显示
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CyTOF-Linear-Classifier-master.zip (37个子文件)
CyTOF-Linear-Classifier-master
MultiCenter
LDA_MultiCenter_CellsCV.m 4KB
LDA_MultiCenter_OneTrainingSample_DeepCyTOF.m 3KB
NearestMedian_MultiCenter_SamplesCV.m 4KB
LDA_MultiCenter_SamplesCV.m 4KB
Documentation.pdf 144KB
BMMC
LDA_classifier_BMMC.m 3KB
NearestMedian_classifier_BMMC_ACDC.m 3KB
Documentation.pdf 185KB
LDA_classifier_BMMC_ACDC.m 3KB
PANORAMA
LDA_classifier_PANORAMA_SamplesCV_ACDC.m 5KB
LDA_classifier_PANORAMA_CellsCV_ACDC.m 4KB
NearestMedian_classifier_PANORAMA_SamplesCV.m 4KB
LDA_classifier_PANORAMA_SamplesCV.m 4KB
Documentation.pdf 189KB
LDA_classifier_PANORAMA_CellsCV.m 3KB
HMIS-2
LDA_HMIS2_CellsCV.m 4KB
NearestMedian_HMIS2_SamplesCV.m 5KB
KNN_HMIS2_SamplesCV_FeatureSelection.m 7KB
LDA_HMIS2_SamplesCV_withRejectionOption.m 7KB
Documentation.pdf 237KB
Examples
CyTOFexample.ipynb 15KB
FCMexample.ipynb 3KB
CyTOF_LDApredict.m 22KB
CyTOF_LDAtrain.R 4KB
AML
LDA_classifier_AML.m 3KB
NearestMedian_classifier_AML.m 3KB
Documentation.pdf 177KB
DeepCyTOF_on_HMIS
Util
feedforwadClassifier.py 9KB
DeepCyTOF_HMIS.py 8KB
LICENSE 1KB
CyTOF_LDAtrain.m 23KB
CyTOF_LDApredict.R 4KB
README.md 2KB
HMIS-1
LDA_HMIS1_SamplesCV.m 4KB
Documentation.pdf 136KB
LDA_HMIS1_CellsCV.m 4KB
NearestMedian_HMIS1_SamplesCV.m 5KB
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