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matlab如何敲代码-CIMLR:在Matlab和R中都实现了CIMLR方法。该方法的手稿位于:https://www.nat...
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2021-05-23
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matlab如何敲代码通过多内核学习( CIMLR )进行癌症整合 分支 Stato CI [R 概述 在此存储库中,我们在R和Matlab的CIMLR ()中提供了实现。 该方法最初应用于多组癌症数据,但原则上能够在所有情况下有效且高效地学习相似性,在这种情况下,数据的多样且异构的统计特征使标准方法更难解决该问题。 存储库的R分支提供了用R实现的工具,而存储库的Matlab分支提供了Matlab的实现。 还提供了一些示例数据,但是这些数据是原始数据的简化版本,应仅用作示例,而不应视为相应出版物中提供的数据的替代。 国际货币基金组织 即使在相同的肿瘤类型内,癌症患者的结果也有很大差异,癌症分子亚型的表征为改善预后和个性化治疗提供了重要的希望。 这一希望激发了最近的努力,以产生大量的多维基因组(“多组学”)数据,但是当前的算法在此类数据的综合分析中仍然面临挑战。 在这里,我们介绍了通过多核学习(CIMLR)进行的癌症整合,这是一种新的癌症分型方法,可以整合多组学数据以揭示癌症的分子亚型。 我们将CIMLR应用于来自36种癌症类型的多组学数据,并显示出在计算效率和提取具有生物学意义的癌症亚
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CIMLR-Matlab.zip (46个子文件)
CIMLR-Matlab
CIMLR_Feature_Ranking.m 8KB
CIMLR.m 9KB
main_example_lower_grade_gliomas.m 2KB
src
TransitionFields.m 238B
colorspace.m 16KB
Cal_NMI.m 1KB
Kbeta.cpp 2KB
barnes_hut.c 7KB
mex_top_eig.mexa64 86KB
dist2.m 951B
mex_KNN_Annoy.mexa64 39KB
SIMLR_DisplayVisualization.m 4KB
L2_distance_1.m 508B
projsplx_c.mexmaci64 9KB
SIMLR.m 9KB
barnes_hut.h 1KB
mex_KNN_Annoy.cpp 2KB
distinguishable_colors.m 6KB
SIMLR_embedding_tsne.m 2KB
mex_top_eig.cpp 3KB
compute_wtsne_obj_grad_repulsive_barneshut.mexa64 13KB
dominateset.m 739B
litekmeans.m 16KB
Kbeta.mexmaci64 9KB
eig1.m 592B
fast_pca.m 997B
projsplx_c.c 2KB
projsplx_c.mexa64 8KB
compute_wtsne_obj_grad_repulsive_barneshut.c 3KB
Kbeta.mexa64 8KB
Kbeta.m 516B
NE_dn.m 272B
betaScores.m 1KB
LaplacianScore.m 1KB
SIMLR_LARGE.m 4KB
Estimate_Number_of_Clusters_CIMLR.m 5KB
doc
vignette.pdf 150KB
manual.pdf 81KB
.travis.yml 228B
.Rbuildignore 102B
LICENSE 34KB
LICENSE.md 34KB
README.md 4KB
example_lgg_plot
number_clusters.jpg 155KB
data
gliomas_multi_omic_data.mat 61.82MB
.gitignore 446B
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