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窗口化 MSD - 计算每个扩散模式下的时间:执行轨迹的窗口化均方位移,估计扩散系数,计算该状态下的时间量。-matlab开发
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2021-05-31
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执行轨迹的窗口均方位移,估计扩散系数,计算物体处于扩散状态的时间量。 该程序读取从斐济插件 TrackMate 输出的 excel 文件。 然后在用户给定的窗口上对每个轨迹执行加窗均方位移。 该程序旨在分析远离平衡系统的轨迹,如细胞骨架中的运动蛋白。 因此,它认为从 MSD 与时间滞后图的斜率近似得出的负扩散系数是(生物学上)相关的。 使用用户定义的采样率在每个轨迹内计算对象表现出受限运动、布朗运动、超扩散或施加力模型运动或负扩散(聚合)的时间量。 TrackMate Excel 文件应位于与程序相同的路径中名为“track_data”的文件夹中。 主要调用 read_in_data、organize_tracks、windowed_MSD_Analysis 和 Diffusion_coeff_calculator,以读取轨迹数据,将它们组织成轨迹,执行 wMSD,并近似扩散系数。
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