用matlab生成谐波代码-ebs_simulation:镊子分子马达模拟

用matlab生成谐波代码镊子分子马达模拟 该存储库包含通常在光镊中观察到的分子马达动力学的模拟。 模拟是用matlab编写的，包含简单的泊松步进以及更复杂的酶动力学，如延伸RNA聚合酶II（RNAP II）。 后一个例子是由Dangkulwanich等人最近的实验观察所激发的。 eLife 2013; 2：e00971 介绍 单个分子马达的动力学可以通过单分子技术（例如光镊）直接观察。 酶的运动发生在基底上的位置呈阶梯状变化中。 这些步骤可以和DNA上两个碱基的距离一样小（0.34 nm）。 由于必须在适当的酶条件下（室温和液体中）进行测量棕褐色运动和仪器本身产生的噪音常常会严重破坏阶梯。 因此，数据模拟是评估这些测量值的进一步数据分析的有用工具。 以下模拟方法可以解决谐波捕获的粒子产生的噪声，仪器噪声，并且可以生成泊松分布阶跃以及在易位和暂停状态之间切换的酶阶跃。 模拟使用物理单位。 位置以nm为单位显示，力以pN为单位显示，速率以Hz为单位显示。 用法 在matlab中，以下三个命令会根据默认参数生成嘈杂的步长数据。 sd = SimData（）; sd = sd.simulat