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matlab代码左移-suite2p:Suite2p
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2021-05-24
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matlab代码左移Suite2p 用于处理两光子钙成像数据的管道。 版权所有(C)2018 Howard Hughes Medical Institute Janelia Research Campus suite2p包含以下模块: 登记 细胞检测 峰值检测 可视化GUI 将于8月19日至23日在Janelia举办一次关于suite2p和公斤排序的研讨会,请参阅详细信息。 将提供房间和饭菜。 这段代码是由Carsen Stringer和Marius Pachitariu编写的。 要获取支持,请打开。 参考文件是。 解卷积算法基于,设置基于。 上提供了更详细的文档。 有关GUI演示,请参见此twitter [thread] 。 可以使用matlab版本。 请注意,该算法较旧,并且在非圆形ROI上效果不佳。 安装 安装Python发行版-选择Python 3.x和您的操作系统。 请注意,如果您没有将anaconda添加到路径,则可能需要使用anaconda提示符。 从资源库下载environment.yml文件 在路径中使用conda打开anaconda提示符/命令提示符,用于pytho
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suite2p-master.zip (63个子文件)
suite2p-master
MANIFEST.in 308B
gui_images
mesoscope_selection.PNG 270KB
select_in_visualize.PNG 1021KB
multiselect.gif 16.21MB
run_in_GUI.PNG 98KB
colorbar.PNG 12KB
visualize.PNG 778KB
binary.png 959KB
reg_metrics.png 526KB
phasecorr.png 300KB
manual_curation.PNG 155KB
multi_select.PNG 121KB
docs
Makefile 584B
source
suite2p.rst 3KB
conf.py 5KB
modules.rst 58B
index.rst 571B
jupyter
make_ops.ipynb 2KB
run_pipeline_tiffs_or_batch.ipynb 8KB
multiple_functional_channels.ipynb 8KB
separate_multichannel_expt.ipynb 229KB
test_tiff_loader.ipynb 44KB
environment.yml 336B
LICENSE 32KB
setup.py 942B
.gitignore 774B
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
README.md 14KB
suite2p
myutils2.py 2KB
visualize.py 20KB
reggui.py 42KB
logo
logo_unshaded.png 190KB
logo.png 66KB
register.py 28KB
gui.py 37KB
utils.py 30KB
regmetrics.py 9KB
gpu_utils.py 1KB
classifier.py 3KB
sourcery.py 18KB
chan2detect.py 3KB
nonrigid.py 15KB
classgui.py 11KB
classifiers
classifier.npy 505KB
fig.py 29KB
__main__.py 795B
run_s2p.py 13KB
roiextract.py 11KB
__init__.py 260B
ops
clean.py 360B
ops.npy 2KB
ops_1P.npy 2KB
ops_dendrite.npy 2KB
ops_soma.npy 2KB
gui2p.py 59KB
dcnv.py 2KB
LoadBinary.py 275B
merge.py 5KB
sparsedetect.py 18KB
helpers
nFramesTiff.m 109B
mesoscope_json_from_scanimage.m 3KB
loadFramesBuff.m 4KB
make_json_config.m 2KB
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