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matlab代码左移-RoiEdit3D:RoiEdit3D
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2021-05-24
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matlab代码左移RoiEdit3D 使用roiedt3d_25_12的自述文件。 由丰岛雄()撰写,2020年1月28日。 1.程序的目的 RoiEdit3d具有以下功能: 自动检测2D / 3D / 4D图像中的细胞核 自动标注细胞核(提供图集时) 自动跟踪细胞核 对结果进行可视化,并提供有效的校正方法 这些程序随以下论文一起发布。 如果您在发布时使用这些程序,请引用以下文章。 Y. Toyoshima等人,“在3D空间中精确自动检测密集分布的细胞核”,PLOS Comp。 生物学.2016年。 期刊链接: 补充资料: Y. Toyoshima等,“神经元ID数据集有助于线虫全脑活动成像的神经元注释”,BMC Biol。,2020年 期刊链接: 补充资料: 2.环境要求 该程序是在Windows 7 Pro SP1 64bit下开发的。 Windows 64位环境的可执行文件可在FigShare()中找到。 对于其他环境,请在matlab中运行代码。 从源代码编译程序的说明将捆绑在一起(compilation.txt)。 3.安装 本节用于在Windows上使用捆绑的可执行文件。
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RoiEdit3D-main.zip (72个子文件)
RoiEdit3D-main
compilation.txt 4KB
src
setImageMiji.m 2KB
geneIDs.csv 1.16MB
roiedit3d_anno_v3_mod7.m 57KB
roiedit3d_25_16.m 194KB
java_sources
MyOrthogonal_Views.java 38KB
SifDecoder.java 5KB
MyTableModel2.java 21KB
MyTiffEncoder.java 20KB
guava-18.0.jar 2.15MB
DcvDecoder.java 5KB
OirDecoder.java 4KB
MyFileSaver.java 3KB
MyTableModelVisPromExp.java 4KB
MyMaxProjFileInfoVirtualStack.java 6KB
MyTableModel4.java 55KB
MyFileOpener.java 28KB
MyRoiManager.java 19KB
MyMultiFileInfoVirtualStack.java 36KB
MyEllipseRoi.java 3KB
OpenMIF_.java 630B
MyOverlay.java 2KB
MyFileInfoVirtualStack.java 38KB
PifDecoder.java 5KB
MyTableModel.java 18KB
MySplitFileInfoVirtualStack.java 3KB
MyTableModel3.java 44KB
MyRoiManager2.java 18KB
roiedit3d_subclass.jar 163KB
readme.txt 3KB
MyEllipsoid.java 23KB
getImageMiji.m 3KB
guava-18.0.jar 2.15MB
peak_detection_14_param_for_2D.txt 2KB
elipsoid_em_9.mexw64 6.88MB
curvature.m 4KB
calc_scaled_distance.m 1KB
dftregistration.m 8KB
lemire_nd_maxengine.mexw64 26KB
elipsoid_em_22.mexw64 7.71MB
graywatershed.m 2KB
writePointROI.m 994B
merge_emtrace_white.mat 74KB
elipsoid_em_12.mexw64 7.8MB
elipsoid_em_13.mexw64 7.8MB
javaclasspath.txt 48B
peak_detection_14_3.m 30KB
elipsoid_em_7.mexw64 84KB
lemire_nd_minengine.mexw64 26KB
lapjv.m 10KB
c-mex_sources
elipsoid_em_9.cpp 135KB
elipsoid_em_13.cpp 125KB
elipsoid_em_22.cpp 134KB
elipsoid_em_12.cpp 125KB
elipsoid_em_8.cpp 131KB
elipsoid_em.vcxproj 17KB
elipsoid_em.def 52B
elipsoid_em_7.cpp 129KB
elipsoid_em.vcxproj.filters 3KB
visualize_promoter_expression.mat 41KB
reference.mat 647B
minmaxfilt.m 5KB
peak_detection_14_param_for_IshiharaLabAno.txt 2KB
peak_detection_14_param_for_IshiharaLab4D.txt 2KB
atlas_20181230_White=1_MaskPha=1_RemoveHYP=1.mat 23.77MB
java.opts 12B
elipsoid_em_8.mexw64 84KB
peak_detection_14_param_for_confocal.txt 2KB
visualize_promoter_expression_13.m 31KB
LICENSE 1KB
readme_software.txt 8KB
README.md 9KB
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