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matlab非参数代码-HTa_Histone_analog:用于Hocher等人的脚本。2019,嗜酸嗜热菌的DNA结合蛋白H...
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matlab非参数代码#Antoine Hocher,2019 年 11 月 1 日星期五,英国伦敦 | MRC,伦敦医学院######################################## ########## #Scripts 与 Hocher 等人相关。 2019,嗜酸嗜热菌的 DNA 结合蛋白 HTa 是一种古菌组蛋白类似物 #为了运行LASSO模型预测: 首先运行 LASSO_Input_file_generation.R,它的输出应该作为 AH_LASSO_script.m 的输入,在 matlab R2018a 中运行 AH_LASSO_script.m(系数文件)的输出,最后应该作为 LASSO_output_file_generation.R 的输入从 LASSO 系数和计算出的 Kmers 丰度产生一个重要的轨迹 #为了在两个不同的 mnase 轨道上检测和评分峰值,并计算它们的相对不对称性: 运行 Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R,它依赖于已发布的 Bioconductor 包 NucleR 的
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HTa_Histone_analog-master.zip (64个子文件)
HTa_Histone_analog-master
LASSO_output_file_generation.R 2KB
LASSO_Input_file_generation.R 8KB
LICENSE 1KB
plot2DO_teac_ecoli_mferv_adapted_single_end_reads.R 90KB
README.md 1KB
AH_LASSO_script.m 1KB
nucleR_2.12.1_AH_edited_asy
NAMESPACE 3KB
vignettes
nucleR.Rmd 24KB
references.bib 5KB
R
fragmentLenDetect.R 12KB
peakDetection.R 7KB
export.wig.R 2KB
filterFFT.R 12KB
peakScoring.R 10KB
TODO
nucleoCluster-methods.R 13KB
plotCoverOverlap.R 10KB
processReads.R 14KB
plotPeaks.R 11KB
helpers.R 3KB
readBAM.R 4KB
mergeCalls.R 5KB
coverage.rpm.R 2KB
sample_data.R 2KB
peakScoring_Original.R 9KB
controlCorrection.R 4KB
readBowtie.R 2KB
syntheticNucMap.R 10KB
export.bed.R 6KB
pcKeepCompDetect.R 9KB
nucleR-package.R 4KB
processTilingArray.R 8KB
data
nucleosome_htseq.rda 31KB
nucleosome_tiling.rda 59KB
build
vignette.rds 201B
man
syntheticNucMap.Rd 4KB
coverage.rpm.Rd 2KB
nucleosome_htseq.Rd 921B
readBAM.Rd 902B
peakDetection.Rd 3KB
plotPeaks.Rd 4KB
nucleosome_tiling.Rd 1KB
export.wig.Rd 1KB
processTilingArray.Rd 5KB
processReads.Rd 5KB
pcKeepCompDetect.Rd 4KB
fragmentLenDetect.Rd 4KB
filterFFT.Rd 6KB
peakScoring.Rd 5KB
mergeCalls.Rd 3KB
nucleR-package.Rd 3KB
controlCorrection.Rd 2KB
readBowtie.Rd 778B
export.bed.Rd 2KB
tests
testthat.R 56B
testthat
test-coverage.rpm.R 412B
inst
doc
nucleR.pdf 736KB
nucleR.Rmd 24KB
nucleR.R 8KB
extdata
cellCycleM_chrII_5000-25000.bam 638KB
NEWS 3KB
CITATION 609B
DESCRIPTION 980B
README 406B
Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R 3KB
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