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matlab中拨号代码-notame:用于非靶向LC-MS代谢组学的R软件包
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2021-05-28
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matlab中拨号代码notame-非目标LC-MS代谢谱分析的工作流程 该软件包可用于分析非目标代谢组学中的预处理LC-MS数据。 Notame是由and分离的代谢组学公司开发的。 我们使用notame作为将用于非目标LC-MS代谢组学数据的所有预处理方法捆绑在一起的方法,因此它主要由其他软件包中的方法组成,并且我们发现了许多有用的可视化方法。 有关我们如何进行LC-MS实验以及该软件包在我们的工作流程中适合的位置的更多详细信息,您可以在此处找到该文章:。 非常感谢参与本文的每个人! 目前,该软件包是由Afekta Technologies开发的。 程序包API仍处于试验阶段,并且可能会做出重大更改,尽管由于程序包很好地完成了当前任务,所以添加新功能的速度非常慢。 不知道该怎么办? 在我们进入功能列表之前,对您熟悉我们实验室工作流程的工作很有帮助。 第一步是获取由LC-MS仪器创建的原始数据文件,并使用峰采集软件(我们使用)创建峰表。 在使用专用软件进行峰采集后,我们使用R进行数据预处理,质量控制,统计分析和可视化。 然后,我们将获得的结果用于鉴定实际代谢物。 这些年来,我们最终获得
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matlab中拨号代码-notame:用于非靶向LC-MS代谢组学的R软件包 (195个子文件)
CITATION 1KB
DESCRIPTION 1KB
.gitignore 50B
preprocessing.html 648KB
feature_clustering.html 550KB
project_example.html 142KB
MetaboSet.html 118KB
intro.html 41KB
project_template.html 17KB
statistics.html 15KB
visualizations.html 11KB
batch_correction.jpg 302KB
algo_1.jpg 64KB
algo_2.jpg 58KB
clust_1_1.jpg 55KB
clust_1_2.jpg 53KB
clust_1_3.jpg 50KB
clust_1_5.jpg 42KB
clust_1_6.jpg 38KB
clust_3_1.jpg 35KB
LICENSE 1KB
README.md 6KB
NAMESPACE 3KB
drift_corr.png 168KB
Data_input.png 76KB
notame_workflow.png 23KB
algo_2.png 11KB
stats.R 47KB
scatter.R 40KB
class_constructor.R 26KB
multivariate.R 24KB
feature_clustering.R 20KB
drift_correction.R 18KB
batch_correction.R 16KB
effect_plots.R 14KB
transformations.R 12KB
qc_visualizations.R 11KB
effect_heatmap.R 10KB
quality_metrics.R 10KB
merger.R 9KB
visualization_utils.R 8KB
utils.R 8KB
test_stats.R 8KB
cluster_plots.R 6KB
project_example.R 6KB
test_data_reading.R 5KB
project_template.R 4KB
test_transformations.R 3KB
example_data.R 3KB
feature_clustering.R 3KB
logging.R 2KB
suprahex_plots.R 2KB
sample_data.R 1KB
data.R 1KB
test_finite_functions.R 589B
intro.R 271B
MetaboSet.R 266B
statistics.R 252B
visualizations.R 149B
preprocessing.R 144B
testthat.R 60B
.Rbuildignore 57B
plot_effect_heatmap.Rd 4KB
visualizations.Rd 4KB
correct_drift.Rd 3KB
perform_correlation_tests.Rd 3KB
read_from_excel.Rd 3KB
pls_da.Rd 3KB
pls.Rd 3KB
manhattan_plot.Rd 3KB
muvr_analysis.Rd 2KB
plot_tsne_arrows.Rd 2KB
plot_tsne.Rd 2KB
MetaboSet-class.Rd 2KB
flag_quality.Rd 2KB
cluster_features.Rd 2KB
plot_pca.Rd 2KB
dc_cubic_spline.Rd 2KB
volcano_plot.Rd 2KB
save_group_lineplots.Rd 2KB
perform_lmer.Rd 2KB
save_dc_plots.Rd 2KB
inspect_dc.Rd 2KB
plot_tsne_hexbin.Rd 2KB
plot_pca_arrows.Rd 2KB
plot_sample_heatmap.Rd 2KB
plot_pca_hexbin.Rd 2KB
impute_simple.Rd 2KB
save_scatter_plots.Rd 2KB
save_batch_plots.Rd 2KB
plot_sample_suprahex.Rd 2KB
save_beeswarm_plots.Rd 2KB
save_subject_line_plots.Rd 2KB
plot_sample_boxplots.Rd 2KB
find_connections.Rd 2KB
save_group_boxplots.Rd 1KB
plot_dist_density.Rd 1KB
perform_logistic.Rd 1KB
perform_homoscedasticity_tests.Rd 1KB
plot_dendrogram.Rd 1KB
共 195 条
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