matlab微分方程代码-pseudodynamics:单细胞RNA-seq时间序列的动态模型

matlab微分方程代码拟动力学 该存储库包含在相关手稿“超越伪时间：从单细胞RNAseq时间序列学习种群动态”（）中介绍的所有应用案例中使用伪动力学的示例代码。 安装指南 伪动力学本身不是必须安装的软件包，而是由一组Matlab脚本组成，必须针对每个应用案例在Matlab会话中对其进行调整和调用。 伪动力学取决于AMICI（）和PESTO（）的偏微分方程（PDE）系统功能的正演模拟和参数估计。 两者都是第三方Matlab接口/工具箱，必须安装它们才能使伪动力学工作。 请按照Github存储库上的安装说明安装这些工具箱。 例子 该存储库包含执行伪动力学模型参数估计所必需的脚本，以及针对所有示例的所有工作流，该手稿介绍了“超越伪时间：从单细胞RNAseq时间序列中学习种群动态”。 注意，我们添加了一个介绍性示例作为（6.示例）。 这些示例是： 克莱因（Klein）：数据来自克莱因（Klein）等人，2015年，小鼠胚胎干细胞体外分化（单细胞RNA-seq）。 Maehr：来自Kernfeld等人，2018和Fischer等人，2018的数据，胸腺T细胞成熟（单细胞RNA-seq）。 这包